Quo Vadis, Virtual Screening? A Comprehensive Survey of Prospective Applications

Ripphausen, Peter; Nisius, Britta; Peltason, Lisa; Bajorath, Jürgen

doi:10.1021/jm101020z

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“…Avoiding a large population of inactive compounds saves money and time, because the size of the experimental HTS is significantly reduced without sacrificing a large degree of hits. Ripphausen et al (2010) note that the first mention of vHTS was in 1997 (Horvath, 1997) and chart an increasing rate of publication for the application of vHTS between 1997 and 2010. They also found that the largest fraction of hits has been obtained for G-protein-coupled receptors (GPCRs) followed by kinases (Ripphausen et al, 2010).…”

Section: A Position Of Computer-aided Drug Design In the Drug Discovmentioning

confidence: 99%

“…Only after further iterative rounds of lead-to-drug optimization and in vivo testing does a compound reach a clinically appropriate potency and acceptable DMPK/ADMET properties (Jorgensen, 2004). For example, the literature survey performed by Ripphausen et al (2010) revealed that a majority of successful vHTS applications identified a small number of hits that are usually active in the micromolar range, and hits with low nanomolar potency are only rarely identified. .…”

Section: A Position Of Computer-aided Drug Design In the Drug Discovmentioning

confidence: 99%

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Computational Methods in Drug Discovery

Sliwoski

Kothiwale

Meiler

et al. 2014

Pharmacological Reviews

1,711

1,101

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Section: A Position Of Computer-aided Drug Design In the Drug Discovmentioning

confidence: 99%

Section: A Position Of Computer-aided Drug Design In the Drug Discovmentioning

confidence: 99%

Computational Methods in Drug Discovery

Sliwoski

Kothiwale

Meiler

et al. 2014

Pharmacological Reviews

1,711

1,101

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“…Informações adicionais sobre essas técnicas podem ser encontradas na literatura. 120,[125][126][127][128] Um método de triagem virtual que se popularizou bastante dentro da toxicologia computacional compreende o uso de alertas estruturais. Alertas estruturais 129 são subestruturas moleculares que estão associadas com determinada propriedade da molécula.…”

Section: Triagem Virtualunclassified

Quimioinformática: Uma Introdução

Alves¹,

Braga²,

Muratov³

et al. 2017

Quim. Nova

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publicado na web em 08/11/2017 CHEMINFORMATICS: AN INTRODUCTION. Cheminformatics is an interdisciplinary field between chemistry and informatics, which has evolved considerably since its inception in the 1960s. Initially, the cheminformatics community dealt primarily with practical and technical aspects of chemical structure representation, manipulation, and processing, while modern research explores a new role: the exploration and interpretation of large chemical databases and the discovery of new compounds with desired activity and safety profiles. Despite the recent release of several hallmark reviews addressing methods and application of cheminformatics written in Portuguese, so far there are no scientific articles presenting cheminformatics research to the Brazilian scientific community yet. To address this gap, we aim to introduce the field of cheminformatics to both students and researchers in a simple and didactic way by narrating important historical facts and contextualizing information within the scope of various applications.Keywords: cheminformatics; QSAR; chemical similarity; structure representation, property prediction; virtual screening. INTRODUÇÃOA quimioinformática é uma ciência interdisciplinar que utiliza recursos das ciências da computação e informação para resolver problemas da química.1 O termo quimioinformática foi cunhado por Frank Brown em 1998, definindo-a como "mistura de recursos de informação para transformar dados em informação e informação em conhecimento, no intuito de tomar decisões melhores e mais rápidas na área de identificação e otimização de compostos líderes".2 Em uma definição mais abrangente, em 1999, Greg Paris, então pesquisador da companhia farmacêutica Novartis, definiu a quimioinformática como "um termo genérico que engloba a concepção, criação, organização, gestão, recuperação, análise, disseminação, visualização e utilização de informação química". Sciences (1975Sciences ( -2005, chegando no nome atual em 2005 (http://pubs.acs.org/toc/jcisd8/current). Nesse intervalo, várias áreas que hoje compõem a quimioinformática foram se consolidando como (i) representação, visualização, manipulação e processamento de estruturas químicas, (ii) organização de bases de dados de estruturas químicas e (iii) estudos das relações quantitativas entre estrutura e atividade/propriedade (QSAR/QSPR, do inglês, quantitative structure-activity/property relationships). 5O campo da quimioinformática evoluiu bastante, passando de aspectos práticos e técnicas de representação, manipulação e processamento de estruturas químicas individuais até o seu papel primordial na atualidade: exploração de bases de dados químicas e descoberta de novos compostos com atividade e/ou propriedade desejadas. Ao se explorar bases de dados é possível extrair várias informações que auxiliam na compreensão do comportamento de determinado grupo de compostos e é possível gerar modelos computacionais que são utilizados para predizer a atividade de moléculas que carecem de dados experimentais, ou seja, dados de ensai...

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“…99 Utilizando a base Chemdiv, com 700.000 compostos, a triagem virtual baseada em farmacóforos da cruzaína selecionou 20 compostos, 11 dos quais disponíveis comercialmente. 100 Ensaiados em cruzaína in vitro, alguns dos compostos apresentaram IC 50 102 Os resultados apontam para a relevância do perfil hidrofóbico à atividade biológica estudada.…”

Section: Figura 26 Tio(semicarbazonas) Inibidoras De Cruzaínaunclassified

Drug Design for Chagas'Disease: Advances and Challenges

Ferreira¹

2012

Revista Virtual De Química

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Abstract:The paper reports the general aspects about drug design and development, especially in the area of neglected diseases. The urre t s e ario is e phasized, the re e t ad a es i the Chagas' disease he otherapy are sho a d the main challenges to be faced are discussed as well as the perspectives of the contribution of the Brazilian Medicinal Chemistry and of the Laboratory of Design and Synthesis of Chemotherapeutic Agents potentially active on Neglected Diseases (LAPEN).Keywords: Drug Desig ; Drug De elop e t: Negle ted Diseases; Chagas' Disease; a ti-Chagas' disease he otherapy;Medicinal Chemistry; Brazilian Medicinal Chemistry; LAPEN. ResumoO artigo trata dos aspectos gerais do planejamento e desenvolvimento de fármacos, especialmente na área de doenças negligenciadas. Enfatiza o cenário atual, mostra os avanços recentes efetuados na quimioterapia da doença de Chagas e discute os principais desafios a serem enfrentados bem como a contribuição

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Quo Vadis, Virtual Screening? A Comprehensive Survey of Prospective Applications

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