Reconstruction of the evolutionary dynamics of the hepatitis C virus 1b epidemic in Turkey

Phylodynamic of HCV Populations

“…В Турции экспоненциальный рост популяции субтипа 1b происходил в 1940-1999-х гг. за счет распространения изолятов, циркулировавших ис-ключительно внутри страны, в основном при проведении различных парентеральных медицинских манипуляций, в результате чего турецкие изоляты субтипа 1b сформи-ровали четкую монофилитическую группу, отличную от изолятов соседних стран Средиземноморья [9].…”

“…В Турции экспоненциальный рост популяции субтипа 1b происходил в 1940-1999-х гг. за счет распространения изолятов, циркулировавших ис-ключительно внутри страны, в основном при проведении различных парентеральных медицинских манипуляций, в результате чего турецкие изоляты субтипа 1b сформи-ровали четкую монофилитическую группу, отличную от изолятов соседних стран Средиземноморья [9].Анализ полноразмерных геномов 7 субтипов ВГС ге-нотипа 1 (1a, 1b, 1c, 1e, 1g, 1h, 1l), идентифицированных на территории Камеруна, позволил предположить, что именно эта страна является регионом происхождения вариантов ВГС генотипа 1 [10].В отличие от субтипов 1а и 1b движущей силой гло-бальной дессиминации генотипа 2 стали трансатлантиче-ская работорговля, при которой было перемещено около 17 млн человек из стран Западной Африки в Северную и Южную Америку, и колониальная политика европейских стран, охватившая африканский континент и азиатские страны [11,12]. В период 1700-1850 гг.…”

“…В странах Средизем-номорья (Греция, Турция, Кипр) развитие эпидемии субтипа 1b началось в первые десятилетия ХХ в. с Греции, в 1920-1930-е гг. она распространилась на соседние стра-ны -Турцию и Кипр [9]. В Турции экспоненциальный рост популяции субтипа 1b происходил в 1940-1999-х гг.…”

Viral Sequence Analysis of HIV-Positive Women and Their Infected Children: Insight on the Timing of Infection and on the Transmission Network

“…9,15 A Bayesian statistical inference framework can allow the reconstruction of the temporal history of an epidemic on the basis of isolates randomly sampled at known times. 11,12,16,17 Phylogenetic analysis can also make it possible to determine the most probable source of HIV infection.…”

“…7 The phylogenetic signal of each dataset was investigated by means of the likelihood mapping analysis of 10,000 random quartets generated using TreePuzzle as previously described. 8,9 Groups of four randomly chosen sequences (quartets) were evaluated. For each quartet the three possible unrooted trees were reconstructed using the maximum likelihood approach under the selected substitution model.…”