Regulation of pathogenicity in hop stunt viroid-related group II citrus viroids.

Reanwarakorn, K.; Semancik, J. S.

doi:10.1099/0022-1317-79-12-3163

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“…Our work confirms that the electrophoretic profiles were independent of molecular weight, for example HSVd1 and HSVd3, which were of the same size, and had two different secondary structures and two different patterns. On the other hand HSVd3 contained the cachexia pathogenicity motif, 27) and showed a particular profile (Fig. 1A).…”

Section: Sscp Profiles and Sequence Analysismentioning

confidence: 99%

Single-Strand Conformation Polymorphism for Molecular Variability Studies of Six Viroid Species

Elleuch

Hamdi

Bessaies³

et al. 2013

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

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Section: Sscp Profiles and Sequence Analysismentioning

confidence: 99%

Single-Strand Conformation Polymorphism for Molecular Variability Studies of Six Viroid Species

Elleuch

Hamdi

Bessaies³

et al. 2013

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

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“…also collected in Magdalena municipality presented the six-nucleotide motif characteristic of cachexia sequence variants with the highest sequence identity (99.6%) with CVd-IIc variants (Reanwarakorn and Semancik, 1998). As illustrated in the phylogenetic tree obtained with the Neighbor-Joining method (Fig 1), all except one of the HSVd isolates clustered with the noncachexia variant (CVd-IIa).…”

Section: Capítulo IImentioning

confidence: 95%

“…The five HSVd isolates recovered from Tahiti lime trees (Tahiti lime 1 to 5) collected in Tolima municipality presented the highest sequence identities (99.3-99.6%) with the non-cachexia variants (CVd-IIa) of HSVd (Table 2) differing from the reference sequence in 1-2 changes. They all presented, within the Variable (V) domain, the six nucleotide motif characteristic of non-cachexia sequence variants of this viroid Reanwarakorn and Semancik, 1998). One of the two HSVd isolates recovered from Tahiti lime (Tahiti lime 6) collected in Magdalena municipality, also presented the highest sequence identity (98.0%) with the non-cachexia variants (CVd-IIa) ( Table 2).…”

Section: Characterization Of Hsvd Isolatesmentioning

confidence: 99%

“…These results confirmed that the CDVd infected Tahiti lime clones from Brazil and Peru had different origins. Sequence analysis of the uncloned RT-PCR amplicons obtained using HSVd specific primers showed that the four HSVd infected samples from Peru (samples 5, 7, 8, and 11) had a nucleotide identity of 99.3% with the reference sequence of CVd-IIa, as defined by Reanwarakorn and Semancik, (1998) and biologically characterized as a non-cachexia strain of HSVd.…”

Section: Molecular Characterization Of Viroids Isolated From Tahiti Limementioning

confidence: 99%

“…Condensed branches have bootstrap values lower than 50%. Reference sequences were included in each case: CEVd the reference sequences of Class A and Class B (Visvader and Symons, 1985;; HSVd reference sequences of CVd-IIa, CVd-IIb and CVd-IIc (Reanwarakorn and Semancik, 1998); CDVd reference sequences CDVd-IIIa, CDVd-IIIb and CDVd-IIIc .…”

Section: Characterization Of Cevd Isolatesmentioning

confidence: 99%

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DETECCIÓN Y CARACTERIZACIÓN AGRONÓMICA DE VIROIDES DE CÍTRICOS. IDENTIFICACIÓN Y CARACTERIZACIÓN MOLECULAR Y BIOLOGÍCA DE VARIANTES DEL VIROIDE DEL ENANISMO DE LOS CÍTRICOS CDVd.

Riaño¹

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ResumenLos cítricos son huéspedes naturales de diferentes especies de viroides, todos pertenecientes a la familia Pospiviroidae. Estudios preliminares para detectar viroides en especies y variedades comerciales dieron resultados erráticos, excepto cuando se utilizaba la especie indicadora cidro Etrog como huésped bioamplificador. Para evitar el uso de este huésped en los ensayos de detección, se desarrolló un método basado en la hibridación northern. El protocolo desarrollado consistía en: (i) extracción de ácidos nucleicos de muestras de corteza recolectadas en diferentes épocas y/o almacenadas en distintas condiciones; (ii) separación de los RNAs en 5% PAGE o 1% agarosa y transferencia a membranas; (iii) hibridación con sondas de DNA marcadas con digoxigenina (DIG) específicas para cada viroide, detección con un anticuerpo anti-DIG conjugado con fosfatasa alcalina y revelado con un substrato quimioluminiscente (CSPD). Con este método se pueden detectar viroides en todas las especies de cítricos ensayadas. La técnica es extremadamente sensible, y acorta el tiempo necesario para la detección fiable de los viroides de cítricos conocidos hasta el momento.La aplicación de esta técnica ha permitido realizar prospecciones en árboles cultivados en distintas regiones citrícolas de Colombia, Perú y Brasil. En limas Tahití de Colombia se han identificado infecciones múltiples con HSVd y CDVd o con CEVd, HSVd y CDVd. Las muestras procedentes del Banco de Germoplasma de Palmira estaban libres de viroides, excepto una fuente de cidro Etrog que estaba infectada con CEVd y CDVd. La caracterización molecular de los aislados de HSVd, CDVd y CEVd recuperados de las muestras analizadas ha mostrado que: (i) todos los aislados de HSVd carecían del motivo de expresión de la caquexia, por lo que se trata de variantes no patogénicas, excepto uno que si contenía dicho dominio; (ii) los aislados de CDVd contenían variantes con alta identidad nucleotídica con la variante de referencia CVd-IIIb; (iii) uno de los aislados de CEVd (CEVd CO ) procedente de un cidro Etrog asintomático presentaba una identidad nucleotídica del 96,5% con la secuencia de referencia de la clase A (que engloba las variantes agresivas de este viroide) y del 98,9% con la secuencia de referencia V1 que induce síntomas muy agresivos en cidro Etrog. Los cambios nucleotídicos entre CEVd CO y la variante V1 son: U186A (dominio T R ), A235U (dominio V) y AU313-314GA(dominio P). Dada la probada implicación del dominio P en la patogénesis del CEVd, se han obtenido mutantes en las posiciones 313-314 de V1 y CEVd CO para poder demostrar si los cambios identificados en CEVd CO son efectivamente los responsables de que los cidros infectados con dicho aislado de CEVd no manifiesten síntomas.ii El análisis de clones de lima Tahití procedentes de Perú y Brasil que manifiestan el síndrome del "quebra-galho" (expresión que en portugués significa "rama quebradiza"), caracterizado por el agrietado de la corteza, enanismo y porte abierto de la copa, pero con características productivas...

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Viroids and Viroid Diseases of Plants

Flores

Serio

Navarro

et al. 2011

Studies in Viral Ecology

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Regulation of pathogenicity in hop stunt viroid-related group II citrus viroids.

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Single-Strand Conformation Polymorphism for Molecular Variability Studies of Six Viroid Species

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