Os animais cativos são mais suscetíveis as doenças parasitárias, tendo em vista que, na maioria dos casos, são submetidos a erros de manejo nutricional e a ambientes com higiene inadequada, o que favorece a proliferação e multiplicação de parasitos. Em condições habituais, o protozoário comensal Nyctotherus sp. (Ciliophora: Metopidae) integra o trato gastrointestinal de répteis e atua na digestão da celulose, sem ocasionar danos ao animal. Nesse contexto, um jabuti – piranga (Chelonoidis carbonaria) deu entrada a Clínica Veterinária Escola da Universidade Federal de Sergipe – Campus do Sertão apresentando sinais como diarreia, desidratação, enolftamia e apatia. Procedeu-se com a coleta e análise de amostra fecal através da técnica coproparasitológica Mini – FLOTAC®, na qual foram observadas e identificadas estruturas ovais compatíveis com trofozoítos de Nyctotherus sp. O animal foi então submetido a tratamento através de fluidoterapia, reposição nutricional e utilização do bactericida e protozoocida metronidazol, meloxicam e melhorias no manejo sanitário e alimentar, estando apto para receber alta ao 12º dia. Embora muitos autores descrevam a ausência de manifestação clínica em casos de infecção por Nyctotherus sp., um ambiente inóspito contribui com o aumento da carga parasitária e possivelmente o surgimento de sinais clínicos, como diarreia. Portanto, o presente estudo teve como objetivo relatar um caso de diarreia aguda em jabuti-piranga (C. carbonaria) parasitado por Nyctotherus sp.