Resumo Com ampliação da Estratégia Saúde da Família no Rio de Janeiro, equipes de saúde inseridas em territórios permeados por conflitos armados tornaram-se vulneráveis à violência urbana. O objetivo do trabalho foi analisar o afetamento que tais conflitos causam na saúde desses trabalhadores. Trata-se de uma pesquisa-intervenção, com abordagem qualitativa, realizada com 13 profissionais de saúde de nível superior em uma unidade de saúde da família localizada na cidade do Rio de Janeiro, utilizando como referencial teórico-metodológico a análise institucional. Estresse, sentimentos de angústia, irritabilidade, pedidos de afastamento do trabalho, entre outros achados, emergem das falas dos participantes da pesquisa. Os conflitos armados são grandes tensionadores entre profissionais de saúde, usuários do serviço e gestão, fazendo emergir aspectos negativos, não só na saúde desses trabalhadores, como também em suas relações no serviço. Os riscos à integridade física e psíquica a que esses trabalhadores se submetem são constantes e têm impacto negativo profundo em sua saúde.