The European corn borer, Ostrinia nubilalis, is a serious pest of food, fiber, and biofuel crops in Europe, North America, and Asia and a model system for insect olfaction and speciation. A bacterial artificial chromosome library constructed for O. nubilalis contains 36 864 clones with an estimated average insert size of >or=120 kb and genome coverage of 8.8-fold. Screening OnB1 clones comprising approximately 2.76 genome equivalents determined the physical position of 24 sequence tag site markers, including markers linked to ecologically important and Bacillus thuringiensis toxin resistance traits. OnB1 bacterial artificial chromosome end sequence reads (GenBank dbGSS accessions ET217010 to ET217273) showed homology to annotated genes or expressed sequence tags and identified repetitive genome elements, O. nubilalis miniature subterminal inverted repeat transposable elements (OnMITE01 and OnMITE02), and ezi-like long interspersed nuclear elements. Mobility of OnMITE01 was demonstrated by the presence or absence in O. nubilalis of introns at two different loci. A (GTCT)n tetranucleotide repeat at the 5' ends of OnMITE01 and OnMITE02 are evidence for transposon-mediated movement of lepidopteran microsatellite loci. The number of repetitive elements in lepidopteran genomes will affect genome assembly and marker development. Single-locus sequence tag site markers described here have downstream application for integration within linkage maps and comparative genomic studies. Résumé : La pyrale du maïs, Ostrinia nubialis, est un ravageur important des cultures pour des fins alimentaires, textiles et énergétiques en Europe, en Amérique du Nord et en Asie. De plus, il s'agit d'une espèce modèle pour l'olfaction et la spéciation chez les insectes. Une banque de chromosomes bactériens artificiels a été produite pour l'O. nubialis et totalise 36 864 dont la taille moyenne des inserts est d'environ 120 kb pour une couverture génomique de 8,8 fois. Un criblage de clones OnB1 conférant une couverture de 2,76 équivalents génomiques a permis de déterminer la position physique de 24 marqueurs de séquence connue dont des marqueurs liés à des caractères écologiques importants ainsi qu'à la résistance à la toxine du Bacillus thuringiensis. Les séquences des extrémités de clones chromosomes bactériens artificiels OnB1 (accessions GenBank dbGSS ET217010 à ET217273) présentaient de l'homologie avec des gènes annotés ou des étiquettes de séquences exprimées et ont permis d'identifier des séquences répétitives : des éléments transposables miniatures à répé-titions subterminales inversées (OnMITE01 et OnMITE02) ainsi que des éléments nucléaires dispersés de grande taille) de type ezi. La mobilité des éléments OnMITE01 a été démontrée par leur présence ou absence au sein d'introns chez deux locus de l'O. nubialis. Un motif tétranucléotidique répété (GTCT)n aux extrémités 5' des éléments OnMITE01 et On-MITE02 fournit la preuve de la mobilité de locus microsatellites chez les insectes via le mouvement de transposons. Le nombre d'élé...