Simulasi Molecular Docking Senyawa Coumestrol dengan Protein Kapsid Virus Hepatitis B: Studi In Silico Potensi Senyawa Alami

Abstract

Coumestrol adalah senyawa metabolit sekunder kelompok flavonoid yang ditemukan dalam berbagai tanaman seperti kedelai, kacang-kacangan, brokoli, dan bunga-bungaan. Senyawa tersebut memiliki bioaktivitas sebagai anti inflamasi, antioksidan, serta aktivitas estrogenik yang dapat membantu mengurangi risiko kanker payudara. Penelitian ini bertujuan untuk mensimulasikan interaksi coumestrol dengan target protein kapsid virus hepatitis B (HBV) dengan pendekatan in silico. Penelitian menggunakan metode deskriptif eksploratif melalui analisis molecular docking dengan teknik blind docking. Struktur 2D dan 3D dari coumestrol dikoleksi dari database senyawa PubChem, sedangkan struktur 3D protein kapsid virus hepatitis B dikoleksi dari database protein PDB. Analisis docking menggunakan AutoDock Vina yang terintegrasi dengan PyRx. Hasil analisis menunjukkan bahwa binding affinity yang terbentuk dari kompleks coumestrol dan kapsid HBV berkisar antara -6.5 sampai -7 kkal/mol. Energi ini lebih rendah dari binding affinity protein target dengan ligan referensi yang berkisar -6.1 sampai -6.6 kkal/mol. Perbandingan visualisasi interaksi hasil docking membentuk binding site yang sama pada 9 residu asam amino, yaitu PHE 23, LEU 37, TRP 102, ILE 105, SER 106, THR 109, PHE 110, TYR 118, dan LEU 140. Berdasarkan hasil tersebut, dapat disimpulkan bahwa coumestrol memiliki bioaktivitas yang sama dengan ligan referensi, sehingga dapat digunakan sebagai senyawa marker yang berpotensi dikembangkan sebagai penghambat replikasi HBV.

Predicting toxicity and conducting molecular docking analysis of compounds from unripe kayu banana fruit (Musa paradisiaca L. var. Kayu) against 3mzd and 2q85 proteins in Escherichia coli for antibacterial activity

“…The docking score signifies the energy needed to establish a bond. A lower score indicates a lower energy requirement for bond formation, making it more efficient (Khalil, 2023). Furthermore, the compound 2-HoTrE / (9Z,12Z,15Z)-2hydroxyoctadeca-9,12,15-trienoic acid was analysed for toxicity using Protox II (Laeeq & Dubey, 2022).…”