Skrining Turunan Flavonoid Sebagai Kandidat Inhibitor Protease nsP2 dari Virus Chikungunya Menggunakan Molecular Docking

Abstract

AbstrakPenelitian ini bertujuan mendapatkan senyawa turunan flavonoid yang berpotensi sebagai inhibitor protease nsP2 dari virus chikungunya (CHIKV) dengan metode molecular docking serta mengkaji interaksi senyawa turunan flavonoid hasil skrining. Hasil penelitian menunjukkan bahwa setelah melalui proses molecular docking menggunakan software PyRx 0.8, senyawa turunan flavonoid yang berpotensi sebagai inhibitor dari enam kelompok flavonoid, yaitu hesperidin, rhoifolin, myricetin, genistin, peonidin, phlorizin yang mempunyai nilai root means square deviation (RMSD) senilai 0 dengan nilai binding affinity berturut-turut -9,4; -8,5; -8,1; -7,9; -7,6; dan -6,9 kkal/mol. Hasil visualisasi molekul secara umum menunjukkan terjadinya interaksi hidrofobik dan terbentuknya ikatan hidrogen. AbstractThis study were aims to obtain flavonoid derivative compounds that have the potential as nsP2 protease inhibitors from the chikungunya virus (CHIKV) by molecular docking method and to examined the interaction of flavonoids derived from screening results. The results showed that after going through a molecular docking process using PyRx 0.8 software, flavonoid derivative compounds were potential inhibitors of six flavonoid groups, namely hesperidin, rhoifolin, myricetin, genistin, peonidin, phlorizin which had a root means square deviation (RMSD) value of 0Å with binding affinity values respectively -9.4; -8,5; -8,1; -7.9; -7.6; and -6.9 kcal/mol. Molecular visualization results show the occurrence of hydrophobic interactions and the formation of hydrogen bonds

In silico analysis: Activity of active compounds in passiflora foetida to diabetes

“…Meanwhile, the binding affinity value of metformin is -5.3 kcal/mol. The best ligands are those ligands that have the most negative binding affinity value (Yahmin et al, 2019).…”

Studi In Silico Senyawa α-Mangostin Sebagai Inhibitor Terhadap Reseptor Glikogen Sintase Kinase 3β (Gsk 3β) Sebagai Alternatif Terapi Kanker Payudara

“…Ikatan ini memiliki kekuatan berikatan dengan reseptor sehingga dapat terbentuk meskipun jarak antara ligan dan reseptor cukup jauh. Semakin banyak ikatan hidrogen yang terbentuk maka semakin kuat afinitas ligan terhadap reseptor sehingga baik digunakan sebagai inhibitor (Yahmin et al, 2019).…”

Studi In Silico Senyawa α-Mangostin Sebagai Inhibitor Terhadap Reseptor Glikogen Sintase Kinase 3β (Gsk 3β) Sebagai Alternatif Terapi Kanker Payudara

“…Pembentukan ikatan hidrofobik meminimalkan interaksi residu nonpolar dengan air (Arwansyah et al, 2014). Interaksi hidrofobik terdiri dari ikatan pi-sigma, alkyl, pi-alkyl dan pi-sulfur yang jenis ikatannya cukup lemah tetapi berperan dalam proses pengikatan antara ligan dan reseptor (Yahmin et al, 2019).…”