El mezquite y el agave son especies vegetales ampliamente distribuidas en México los cuales han sido empleados por diversos pueblos de nuestro país y poseen el potencial para ser utilizadas en diferentes aspectos biotecnológicos. La importancia de estas especies vegetales recae en su rol ecológico, tradicional y económico. Asimismo, en la investigación enfocada en la producción de nuevos alimentos, el aislamiento de compuestos con acción farmacológica, la síntesis de nuevos materiales (biopolímeros) y la producción de biocombustibles. Dada la relevancia de estas plantas en México, la presente revisión se basa en presentar un acervo de las características, propiedades y empleos, así como el prometedor uso en biotecnología que presentan estas especies vegetales.