Taguchi optimisation of ELISA procedures

Jeney, Csaba; Dobay, Orsolya; Lengyel, A; Ádám, Éva; Nász, I

doi:10.1016/s0022-1759(98)00185-9

Cited by 41 publications

(22 citation statements)

References 4 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…For this, the BSA solution at given concentration was mixed with equal volume of 10 mM NaCl or 10 mM phosphate buffers of pH 4.3, 5.5, 7.4 and 9.3, and coacervated with different volumes of ethanol under constant stirring (800 rpm). A systematic method, Taguchi Method (TM) with an orthogonal array design (24,25), was next applied to re-analyze the effects of the process parameters. The experimental control factors and their levels selected for the statistical testing are listed in Table I.…”

Section: Preparation Of Bsa Npsmentioning

confidence: 99%

Preparation of BMP-2 Containing Bovine Serum Albumin (BSA) Nanoparticles Stabilized by Polymer Coating

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

Section: Preparation Of Bsa Npsmentioning

confidence: 99%

Preparation of BMP-2 Containing Bovine Serum Albumin (BSA) Nanoparticles Stabilized by Polymer Coating

et al. 2008

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…В частности, для анализа пептида, состоящего из N аминокислотных остатков, структура которого вырождена в каждой позиции m раз, потребуется изучить N m различных полипептидных последовательностей. Очевидно, что для анализа гексамера, сформированного аминокислотными остатками пяти типов было бы необходимо рассмотреть 5 6 вариантов структуры пептида. Нет необходимости доказывать трудность выполнения такой работы, учитывая не только временной фактор -количество экспериментов, которые необходимо осуществить, но и затраты на их реализацию.…”

Section: Introductionunclassified

“…Использование метода Тагучи в молекулярной биологии для анализа биологически активных молекул крайне ограничено, хотя существуют предварительные данные о применимости метода для оптимизации полимеразной цепной реакции [4], выработки технологических рекомендаций по использованию экcпрессирующих систем для получения рекомбинантных продуктов [5] и оптимизации диагностических систем in vitro [6]. Авторы попытались восполнить данный пробел тем, что в данной работе поставили перед собой задачу -изучить применимость метода Тагучи для оптимизации структуры пептидного лиганда, представленного в виде гексамера.…”

Section: Introductionunclassified

for Peptides Microarray Data Analysis

Danilkovich¹

2017

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. Для поиска энергетически выгодных вариантов структуры пептидного лиганда, образующего комплекс с белками главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточным рецептором (SwissProt ID: 2Z31), проведено сравнение энергии связывания гексамеров, являющихся фрагментами структуры нативного лиганда. Для формирования набора исследуемых гексамеров использовался метод Тагучи. Всего было построено 53 варианта структуры комплекса, которые исследовались с использованием метода молекулярной динамики. Расчеты были проведены как для полных комплексов, так и для свободных структур -рецепторов и лигандов. На основании полученных молекулярных траекторий, с использованием обобщенного метода Борна, рассчитывались и усреднялись величины свободной энергии структур. Использование метода Тагучи для анализа последовательности пептидного гексамера позволило определить прототипы лиганда, структуры которых имеют более высокую энергию связывания с рецептором по сравнению с фрагментом исходного лиганда SQYRPS. Примененный подход существенно сократил время эксперимента, требуемое для успешной оптимизации первичной структуры пептидного лиганда. Ключевые слова: метод Тагучи, оптимизация структуры, энергия Гиббса, пространственная модель, молекулярная динамика. ВВЕДЕНИЕРешение практических вопросов, относящихся к задачам сравнительного анализа биологических макромолекул и повышения эффективности процесса комплексообразования, предполагает, в частности, необходимость направленного изменения свойств лиганда, что требуется в процессе разработки новых лекарств на основе пептидов. В ходе сравнения важных термодинамических характеристик изучаемого объекта традиционно принято оценивать свободную энергию растворения в воде, поэтому важно использовать адекватные методы оценки энергии Гиббса изучаемых структур. Задача модификации структур биологически активных молекул с целью улучшения их свойств является естественным фактором существования современной фарминдустрии. В этой связи -поиск и улучшение топологической совместимости молекулярных структур типа лиганд -рецептор относятся к первоочередным задачам современной науки.Существует стандартный подход к решению конкретных задач по оптимизации

show abstract

“…[6][7][8], в частности для оптимизации условий при рефолдинге белков [9]. Для оптимизации структуры пептидной природы его использование не описано.…”

Section: Introductionunclassified

Application of Taguchi Method for Optimization of the Peptide Ligand Structure

Danilkovich¹

2016

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. Для моделирования структуры пептидного лиганда в составе комплекса белков главного комплекса гистосовместимости и Т-клеточного рецептора (PDB ID 2Z31) был использован метод Тагучи, позволивший сократить число экспериментов, требуемых для анализа вклада различных аминокислотных остатков по каждой позиции активного участка молекулы лиганда. В соответствии с методом Тагучи исследован ряд прототипов молекул лиганда в виде пространственных моделей, которые были использованы для молекулярного докинга с оптимизацией структуры комплексов по критерию минимизации внутренней молекулярно-механической энергии. Получена аминокислотная последовательность пептида, которая демонстрирует уменьшение энергии комплекса по сравнению с природным лигандом, что демонстрирует применимость метода Тагучи для оптимизации структуры пептидов с целью разработки новых молекул лигандов.Ключевые слова: метод Тагучи, оптимизация структуры, пространственная модель, первичная структура.

show abstract

Taguchi optimisation of ELISA procedures

Cited by 41 publications

References 4 publications

Preparation of BMP-2 Containing Bovine Serum Albumin (BSA) Nanoparticles Stabilized by Polymer Coating

Preparation of BMP-2 Containing Bovine Serum Albumin (BSA) Nanoparticles Stabilized by Polymer Coating

for Peptides Microarray Data Analysis

Application of Taguchi Method for Optimization of the Peptide Ligand Structure

Contact Info

Product

Resources

About