The ILE462VAL polymorphism of the cytochrome P450 CYP1A1 gene in the Tundra Nenets of the Yamalo-Nenets Autonomous Okrug, Nganasans of the Taimyr Peninsula, and Russians of Siberia

Тийс, Р. П.; Osipova, Ludmila P.; Churkina, T. V.; Tabikhanova, L. E.; Lichman, Daria V.; Воронина, Е. Н.; Филипенко, М. Л.

doi:10.1134/s2079059716070133

Cited by 6 publications

(14 citation statements)

References 26 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Первая приводит к замене изолейцина на валин в положении 105 (Ile105Val) полипептидной цепи, результатом второй является замена аланина на валин в положении 114 (Ala114Val). Ферменты, кодируемые вариантами GSTP1 1405G и GSTP1 2285T, функционально менее активны [4].…”

Section: материалы и методыunclassified

Distribution of polymorphic variants of genes for xenobiotic biotransformation GSTM1, GSTT1 and GSTP1 in populations of native inhabitants and Russians of Eastern Siberia

Tabikhanova¹,

Osipova²,

Воронина³

et al. 2020

Nauchno-Prakticheskii Zhurnal «Medicinskaia Genetika»

View full text Add to dashboard Cite

Актуальность. Изучение полиморфизма генов системы биотрансформации ксенобиотиков, ассоциированных с рядом многофакторных заболеваний - важное направление современных медико-генетических исследований. Цель и задачи - выявить этнические особенности распределения полиморфных вариантов генов GSTM1, GSTT1 и GSTP1 среди бурят, телеутов и русских Восточной Сибири. Материалы и методы. Изучены выборки восточных (N=139) и западных (N=284) бурят, метисов западных бурят с русскими (N=47), телеутов (N=115) и русских Восточной Сибири (N=122). Выявление генотипов GSTM1 0/0 и GSTT1 0/0 проводилось методом мультиплексной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени, генотипирование GSTP1 проводили в режиме реального времени с использованием TaqMan-зондов. Результаты. Встречаемость генотипа GSTM1 0/0 среди восточных и западных бурят составляет 37,7% и 57,7% соответственно (51,4% в суммарной выборке бурят), среди русских - 42,6%. Статистически значимо меньшая частота показана у телеутов - 17,4%. Частота GSTТ1 0/0 у восточных и западных бурят равна 40,8% и 27,6% соответственно, у русских статистически значимо меньше - 18%, у телеутов - 24,8%. Для метисов показаны промежуточные значения частот GSTM1 0/0 и GSTТ1 0/0. Аллель GSTP1 1405G встречается среди восточных и западных бурят с частотой 27,7% и 19,2% соответственно, у русских - 31,8%, телеутов - 24,8%. Различие русских с западными бурятами статистически значимо. Частота аллеля GSTP1 2285T среди восточных (4,9%), западных (1,8%) бурят и телеутов (2,2%) меньше, чем среди русских (8,3%). Отличие русских от западных бурят и телеутов, является статистически значимым. Выводы. В суммарной выборке бурят показаны повышенные частоты генотипов GSTM1 0/0 и GSTТ1 0/0, ассоциированых, по данным литературы, с некоторыми многофакторными заболеваниями по сравнению с телеутами и русскими. В обеих выборках бурят статистически значимо повышена частота комбинированного генотипа, приводящего к отсутствию активности ферментов. В то же время у телеутов частота индивидов с генотипической комбинацией GSTM1 +GSTТ1 +, ответственной за нормальную ферментативную активность, статистически значимо выше. Частоты аллелей 1405G и 2285T гена GSTP1 среди бурят и телеутов понижены по сравнению с русскими. Метисация способствует изменению частоты аллелей. Статистически значимые различия в частотах вариантов GSTM1, GSTТ1 и GSTP1 внутри бурятского этноса могут свидетельствовать о его генетической неоднородности. Relevance. The study of the gene polymorphism of the system biotransformation of xenobiotics, which are associated with a number of multifactorial diseases, is an important area of modern medical genetic research. The aim and tasks are to reveal ethnic features in the distribution of polymorphic variants of genes GSTM1, GSTT1 and GSTP1 among Buryats, Teleuts and Russians of Eastern Siberia. Materials and methods. The samples of Eastern (N=139) and Western (N=284) Buryats, métis Western Buryats with Russians (N=47), Teleuts (N=115) and Russians of East Siberia (N=122) are studied. Detection of GSTM1 0/0 and GSTT1 0/0 was carried out through multiplex real-time PCR. Genotyping of GSTP1 was performed using TaqMan real-time PCR. Results. The occurrence of GSTM1 0/0 among Eastern and Western Buryats is 37.7% and 57.7% respectively (51.4% for the total sample of Buryats), among Russians - 42.6%. Significantly lower frequency is shown in Teleuts-17.4%. The frequency of GSTT1 0/0 in Eastern and Western Buryats is 40.8% and 27.6% respectively. It is significantly lower in Russians - 18%, in Teleuts - 24.8%. Mestis shows intermediate frequencies of GSTM1 0/0 and GSTТ1 0/0. GSTP1 1405G is found among Eastern and Western Buryats with 27.7% and 19.2% frequency, respectively, in Russians - 31.8%, Teleuts - 24.8%. The difference of Russians with Western Buryats is statistically significant. The frequencies of GSTP1 2285T among Eastern (4.9%), Western (1.8%) Buryats and Teleuts (2.2%) are lower than frequency among Russians (8.3%). The difference between Russians and Western Buryats with Teleuts is statistically significant. Summary. There are increased frequencies of GSTM1 0/0 and GSTT1 0/0 in the total cohort of Buryats in comparison with Teleuts and Russians. According to the literature data, these genotypes are associated with multi-factorial diseases. In both samples of Buryats, there is a statistically significantly increased frequency of the combined genotype resulting in the absence of enzyme activity. At the same time, there is a statistically significantly increased frequency of individuals with a genotypic combination GSTM1 +GSTT1 + responsible for normal enzymatic activity in the sample of Teleuts. There are reduced frequencies of risk-alleles GSTP1 1405G and 2285T among Buryats and Teleuts in comparison with Russians. Metisation changes the frequency of risk alleles. Significant differences in the frequencies of GSTM1, GSTT1 and GSTP1 within the Buryat ethnic group may indicate its genetic heterogeneity.

show abstract

Section: материалы и методыunclassified

Distribution of polymorphic variants of genes for xenobiotic biotransformation GSTM1, GSTT1 and GSTP1 in populations of native inhabitants and Russians of Eastern Siberia

Tabikhanova¹,

Osipova²,

Воронина³

et al. 2020

Nauchno-Prakticheskii Zhurnal «Medicinskaia Genetika»

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Образцы ДНК были выделены из лейкоцитарных фракций венозной крови с помощью наборов «Биосилика» (Россия). Генотипирование однонуклеотидных замен в генах CYP1A1 (A2455G (*2C), rs1048943), CYP2D6 (G1846A (*4), rs3892097) и делеции одного нуклеотида в гене CYP2D6 (A2549del (*3), rs35742686) выполняли в режиме реального времени с использованием конкурирующих TaqMan-зондов, комплементарных полиморфным участкам ДНК (Корчагина и др., 2011; Tiis et al, 2016). Оценку соответствия частот генотипов равновесию Харди -Вайнберга проводили с использованием крите рия χ 2 (Пирсона) (при p > 0.05 равновесие выполняется).…”

Section: материалы и методыunclassified

“…Это резко увеличивает возможность мутационных изменений ДНК и химически индуцируемого канцерогенеза (Vineis et al, 2003). Таким образом, полиморфный вариант CYP1A1*2С (2455G) рассматривается как повышающий риск развития ряда мультифакториальных заболеваний (Русинова и др., 2013; Tiis et al, 2016). Исследования по распространенности варианта CYP1A1*2С (2455G) проведены во множестве мировых популяций.…”

Section: Cyp1a1*2с (2455g)unclassified

“…Возможно, носители аллеля CYP1A1*2С (2455G) имели некоторое селективное преимущество, способствующее накоплению этого варианта в популяциях человека. В России, помимо русских популяций, встречаемость аллеля CYP1A1*2С (2455G) изучена у татар и башкир Башкортостана: 6.4 и 10.5 % соответственно (Korytina et al, 2012); некоторых самодийских популяций: 23.8 % у тундровых ненцев и 39 % у нганасан (Tiis et al, 2016); популяций Южной Сибири -северных алтайцев (24.2 %), хакасов (35.3 %) и южных алтайцев (41.4 %) (Солопёкин, Лавряшина, 2016). Литературных данных о распространенности варианта CYP1A1*2С (2455G) среди бурят и телеутов не найдено.…”

Section: Cyp1a1*2с (2455g)unclassified

See 1 more Smart Citation

Genetic polymorphism of CYP1A1 and CYP2D6 in populations of Buryats, Teleuts and Russians of Eastern Siberia

et al. 2018

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

The study of the gene polymorphism of the system of biotransformation of xenobiotics is an important area of modern medical and genetic research. The aim of this work is to study the frequency of the alleles of the CYP1A1 (A2455G (*2C), rs1048943), CYP2D6 (A2549del (*3), rs35742686); G1846A (*4), rs3892097) genes of Teleuts (n = 115), Eastern Buryats (n = 132), Western Buryats (n = 280), their Métis (n = 56), and Russians of East Siberia (n = 122). Genotyping was performed using real-time PCR with competitive TaqMan allele-specific probes. The frequency of the CYP1A1*2C (2455G) allele was 28.8 % in the Eastern Buryat, 34.6 % in the Western Buryat, 16.7 % in the Teleut, and 31.3 % in the Métis cohort. The frequency of CYP1A1*2C (2455G) in the Russians of Eastern Siberia (4.1 %) corresponds to the frequency range found in European populations. A high-frequency occurrence of CYP1A1*2C (2455G) among Buryats and Teleuts may be indicative of a higher population-wide risk of diseases influenced by technogenic pollutants – substrates of CYP1A1. The CYP2D6*3 (2549del) allele was not detected in cohorts of indigenous populations, among Russians it was 0.4 %, and it was 2.7 % among Métis. The frequency of CYP2D6*4 (1846A) in Eastern and Western Buryats was 5.3 % and 4.3 %, respectively, for Teleuts it was 7.4 %. It was significantly higher in the Russian population (12 %), and among Métis (9.8 %). The obtained data makes it possible to predict a reduced risk of side effects of drugs and cancer associated with CYP2D6*3 (2549del) and CYP2D6*4 (1846A) in the Buryat and Teleut populations. However, metisation introduces new polymorphic variants into indigenous populations, shifts gene frequencies and changes the degree of risks.

show abstract

“…Therefore, it is necessary for the discovery of new susceptibility loci in different ethnic groups. The problem of ethnic background predisposition to human diseases including type 2 diabetes is widely discussed (Bai et al, 2015;Nabodita, Sher, 2016;Tiis et al, 2016).…”

mentioning

confidence: 99%

Genetic polymorphisms and related risk factors of ischemic stroke in a Mongolian population in China

Wu¹,

Wu²,

Orlov³

et al. 2017

Vestn. VOGiS

Self Cite

View full text Add to dashboard Cite

Ишемический инсульт, вызванный прерыванием потока крови в мозг, представляет серьезную медицинскую проблему, являясь фактором риска смерти и потери трудоспособности. Недавние исследования геномных ассоциаций (genome-wide association studies -GWAS) определили более 40 общих вари-антов геномных последовательностей, связанных с ишемиче-ским инсультом. Однако результаты не могут быть одинаково применимы для различных мировых популяций. В данной ра-боте мы рассматриваем гипотезу о том, что население Север-ной Азии, живущее в суровых условиях окружающей среды, может иметь уникальный спектр генов риска развития заболе-ваний сердечно-сосудистой системы. Исследованы гены-кан-дидаты предрасположенности к ишемическому инсульту в по -пуляции монголов Китая, которая не была изучена ранее. В ис-следование были включены в общей сложности 167 больных с инсультом и 176 здоровых лиц. Генотипирование выполне-но с помощью секвенирования ампликонов. Обнаружена ассоциация развития ишемического инсульта с одиночными нуклеотидными полиморфизмами в генах NINJ2 (rs12425791) и ALDH2 (rs2238151), а также в межгенном участке rs9536591. Среди генов-кандидатов наибольший вклад в развитие ин-сульта вносит NINJ2 (rs12425791). Ген ALDH2 кодирует митохон-дриальный фермент альдегиддегидрогеназу, вовлеченную в оксида тивный путь метаболизма алкоголя. Пол, возраст, индекс массы тела и высокое кровяное давление также могут быть факто рами риска. Данная работа показала существующую гетеро генность между китайской и другими популяционными выбор ками. Наше исследование предлагает новый взгляд на взаимо действие генотипа и факторов окружающей среды при развитии ишемического инсульта в монгольском населении.Ключевые слова: популяционная генетика; геном человека; однонуклеотидные замены; монгольская популяция Китая; ишемический инсульт. Ischemic stroke is caused by an interruption in the flow of blood to the brain and a risk factor for death and disability. Recent genome-wide association studies have identified more than 40 common sequence variants associated with ischemic stroke. however, the results are not always the same in populations with different genetic backgrounds. In the present study, we evaluated a hypothesis that a North Asian population living in a geographic area with unusually harsh environmental conditions would develop unique genetic risks. We investigated the candidate genes for ischemic stroke and risk factors in a Chinese Mongolian population which has not been explored previously. A total of 167 stroke cases and 176 controls were included in the study. Genotyping was performed by amplicon sequencing. The association was detected with single nucleotide polymorphisms (SNPs) located within genes NINJ2 (rs12425791) and ALDH2 (rs2238151) as well as intergenic rs9536591 were significantly associated with ischemic stroke, of which SNP rs12425791 of the NINJ2 gene was the strongest association. ALDH2 gene encodes mitochondrial aldehyde dehydrogenase, involved in the oxidative pathway of alcohol metabolism. Sex, age, body mass index and high ...

show abstract

The ILE462VAL polymorphism of the cytochrome P450 CYP1A1 gene in the Tundra Nenets of the Yamalo-Nenets Autonomous Okrug, Nganasans of the Taimyr Peninsula, and Russians of Siberia

Cited by 6 publications

References 26 publications

Distribution of polymorphic variants of genes for xenobiotic biotransformation GSTM1, GSTT1 and GSTP1 in populations of native inhabitants and Russians of Eastern Siberia

Distribution of polymorphic variants of genes for xenobiotic biotransformation GSTM1, GSTT1 and GSTP1 in populations of native inhabitants and Russians of Eastern Siberia

Genetic polymorphism of CYP1A1 and CYP2D6 in populations of Buryats, Teleuts and Russians of Eastern Siberia

Genetic polymorphisms and related risk factors of ischemic stroke in a Mongolian population in China

Contact Info

Product

Resources

About