En el presente trabajo se realiza la síntesis de apatitas, a través del método hidrotermal asistido por microondas, variando el pH en 5, 6, 7, 8, 9 y 10. La caracterización fisicoquímica y estructural se realizó por las técnicas: MEB-EDS, DRX y FTIR, determinando una tamaño de cristal de 8 a 10 nm en función del pH; se observó la formación de aglomerados longitud, constituidos por fibras de entre 43.4 a 108.5 nm de diámetro y 412.4 a 1603.8 nm de longitud, así mismo se determina la presencia de planos cristalográficos característicos de HAp y ClAp . Además, se identifican los modos vibracionales pertenecientes a ambas estructuras y una elongación en la banda del grupo OH-, atribuida a la interacción entre el grupo OH- de la HAp y los iones de Cl- de la ClAp. Los resultados obtenidos contribuyen a establecer el efecto del pH en el tamaño de cristal y de partícula para la síntesis de HAp y ClAp