Resumen Objetivo: analizar el proceso de limpieza de gastroscopios, colonoscopios y duodenoscopios en ocho servicios de salud intrahospitalarios. Método: estudio transversal con 22 endoscopios, de los cuales ocho eran gastroscopios, ocho colonoscopios y seis duodenoscopios, y análisis microbiológico de 60 muestras de los canales de aire/agua (todos los endoscopios) y elevador (duodenoscopios), además de prueba de proteínas. En el análisis de los datos se utilizó estadística descriptiva, con cálculo de frecuencias y medidas de tendencia central. Resultados: el procesamiento de los 22 endoscopios fue monitoreado con el análisis microbiológico de 60 canales. En la prelimpieza, en el 82,3% (14/17) de los equipos se utilizó gasa para limpiar el tubo de inserción. En el 72,3% (17/22) de los casos la inmersión del endoscopio en solución detergente fue incompleta y en el 63,6% (14/22) no hubo estandarización del llenado de los canales. La fricción del canal de biopsia no se realizó en el 13,6% (3/22) de los equipos. En el análisis microbiológico, el 25% (7/32) de las muestras endoscópicas almacenadas dio positivo para crecimiento microbiano (2x101 a 9,5x104 UFC/ml), mientras que después del procesamiento, la contaminación fue del 32% (9/28). Se detectaron residuos de proteína en el canal elevador en el 33% de los duodenoscopios. Conclusión: los resultados indican que hay importantes lagunas en las etapas de prelimpieza y limpieza de los endoscopios que, junto con la presencia de residuos de proteínas y del crecimiento de microorganismos de importancia epidemiológica, indican limitaciones en la seguridad del procesamiento, que pueden comprometer los procesos de desinfección y, por ende, el uso seguro en los pacientes que se someten a esos procedimientos.