Thirty Polymorphic Nuclear Microsatellite Loci From Black Walnut

Abstract

Black walnut (Juglans nigra L) is a large tree, native to the eastern United States, that is prized for its high-quality timber and edible nut. Thirty (GA/CT)n nuclear microsatellite markers were identified from black walnut for use in population genetic studies, genome mapping, DNA genotyping of important clones, studies of gene flow, and tree breeding. The markers were polymorphic based on a diversity panel of 10 black walnut individuals from eight Midwestern U.S. states.

Walnut: past and future of genetic improvement

“…The following sections depict an overview of these molecular studies and their application (Table 2). Woeste et al 2002;Dangl et al 2005;Hoban et al 2008;Zhang et al 2010;Qi et al 2011;Yi et al 2011;Wu et al 2012;Zhang et al 2013;Chen et al 2013;Najafi et al 2014;Topçu et al 2015;Ikhsan et al 2016;Dang et al 2015;Hu et al 2015;Dang et al 2016 Interspecific hybrids identification Pollegioni et al 2008Pollegioni et al , 2009 Genetic diversity/relationships determination Foroni et al 2005;Dangl et al 2005;Victory et al 2006;Robichaud et al 2006;Wang et al 2008;Aradhya et al 2009;Gunn et al 2010;Karimi et al 2010;Bai et al 2010;Mohsenipoor et al 2010;Ebrahimi et al 2011;Ruiz-Garcia et al 2011;Pollegioni et al 2011;Qi et al 2011;Grauke et al 2012;Mahmoodi et al 2013;Zhang et al 2013;Pop et al 2013;Najafi et al 2014;Dang et al 2015;Hu et al 2015;Han et al 2016;Noor Shah et al 2016;Ćelepirović et al 2016;Wang et al 2016;…”

Biotecnología forestal aplicada a la producción de madera de nogal

“…Diversos tipos de marcadores moleculares, como aloenzimas (Arulsekar et al 1985), RFLPs (Fjellstrom y Parfitt 1994, Fjellstrom y Parfitt 1995, RAPDs (Woeste et al 1996), ITS (Ciarmiello et al 2011, Zhao y Woeste 2011 y SNPs (Ciarmiello et al 2011) han sido empleados con varios miembros de la familia Juglandaceae; pero el primer set de marcadores SSR fue presentado por Woeste et al (2002). El mismo se construyó a partir de una genoteca con regiones microsatélites enriquecidas en repeticiones GA/CT.…”

“…Conscientes de que se debía superar la barrera que imponía el hecho de que la población objeto de estudio estaba formada por medios hermanos, provenientes del cruce entre un único progenitor femenino y unos pocos padres, cabía la posibilidad de que esa estrecha base genética fuera la causa del mal funcionamiento de los marcadores de la genoteca creada por Woeste et al (2002). A pesar de que 8 de los 10 loci seleccionados de esta biblioteca rindieron productos de amplificación interpretables, la capacidad discriminante fue más bien pobre.…”

“…Lo que confirma que era más lógico crear bibliotecas enriquecidas con motivos formados por 2 nucleótidos para el diseño de los microsatélites de novo. Al igual que para el híbrido maderero, Woeste et al (2002) también crearon genotecas preferentemente enriquecidas en regiones SSR de los dinucleótidos (GA/CT) para el nogal negro americano.…”

“…De las 700 regiones secuenciadas, finalmente 24 parejas demostraron ser funcionales y lo suficientemente polimórficas como para discriminar entre medios hermanos. Al ser utilizadas 10 de las nuevas parejas de primers, junto con 2 de la genoteca desarrollada por Woeste et al (2002), en una población diferente fue posible genotipar con una PID del orden de 10 -11 , lo que abre 1. Antecedentes…”