A extração dos terceiros molares está sempre em debate entre dentistas, isto porque podem surgir patologias com a sua permanência. Visando auxiliar no diagnóstico o presente trabalho procura automatizar a detecção de terceiros molares com cistos em imagens de radiografias. Para isso, são analisadas duas arquiteturas de Redes Neurais Convolucionais (CNN) para a classificação e experimentadas com técnicas de pré-processamento de imagem. Uma destas propostas, com uso de contraste morfológico, obteve melhor performance, com destaque à precisão de 0,93 e F1-score de 0,84. Os resultados demonstram que a proposta permite automatização no diagnóstico de cistos.