Objetivo: Descrever as etapas da adaptação de um protocolo de indicadores para a avaliação da capacidade de gestão da Assistência Farmacêutica a partir das variáveis constantes em um banco de dados nacional. Métodos: Estudo sistemático por meio da convergência de um protocolo de indicadores de avaliação da capacidade de gestão da assistência farmacêutica a nível municipal com dados oriundos da Pesquisa Nacional de Acesso, Uso e Promoção do Uso Racional de Medicamentos, para elaboração de um protocolo de indicadores de abrangência nacional. Após a adaptação e análise preliminar do protocolo, um estudo de consenso foi realizado em duas etapas: consulta com especialistas e oficina de consenso. Na sequência foi realizado um teste de aplicabilidade do protocolo de indicadores com os dados disponíveis pela pesquisa nacional. Resultados: Entre os indicadores, 17 sofreram alterações e em seis foram alteradas as fontes de coleta de dados. Devido à ausência de informações necessárias para aplicar as medidas preconizadas, 16 indicadores foram excluídos do protocolo original. Ao final, o protocolo proposto foi composto por 30 indicadores organizados em três dimensões: Organizacional, Operacional e Sustentabilidade. Conclusão: Os resultados da validação da aplicabilidade dos indicadores, com base nos dados nacionais, asseguram a sensibilidade do novo protocolo de avaliação no contexto dos serviços farmacêuticos na atenção primária. O novo protocolo permite, assim, avaliar a capacidade de gestão da Assistência Farmacêutica em municípios brasileiros sem prejuízo das premissas que sustentaram o modelo original. O protocolo viabilizará avaliações futuras, sugerindo-se a possível institucionalização destes indicadores para monitoramento contínuo da Assistência Farmacêutica no Brasil. Os resultados deste processo podem ser adotados como ponto de partida para o desenvolvimento de indicadores de capacidade de gestão dos serviços farmacêuticos também em outros países.Palavras-Chave: Avaliação em Saúde, Gestão em Saúde, Assistência Farmacêutica, PNAUM Development of a protocol of indicators for national evaluation of the management capacity of Pharmaceutical Services in Primary Health CareABSTRACTObjective: To describe the stages of adaptation of an indicator protocol for the evaluation of Pharmaceutical Services management capacity from the variables in a national database. Methods: Systematic study through the convergence of a protocol of indicators of evaluation of the management capacity of pharmaceutical services at municipal level with data from the National Survey of Access, Use and Promotion of the Rational Use of Medicines, to elaborate a protocol of indicators. nationwide. After adaptation and preliminary analysis of the protocol, a consensus study was carried out in two steps: consultation with experts and consensus workshop. Subsequently, an applicability test of the indicator protocol was performed with data available from the national survey. Results: Among the indicators, 17 suffered alterations and in six the sources of data collection were altered. Due to the lack of information necessary to implement the recommended measures, 16 indicators were excluded from the original protocol. In the end, the proposed protocol was composed of 30 indicators organized in three dimensions: Organizational, Operational and Sustainability. Conclusions: The results of validating the applicability of the indicators, based on national data, ensure the sensitivity of the new assessment protocol in the context of pharmaceutical services in primary care. Thus, the new protocol allows us to evaluate the Pharmaceutical Services management capacity in Brazilian municipalities, without prejudice to the assumptions that supported the original model. The protocol will enable future evaluations, suggesting the possible institutionalization of these indicators for continuous monitoring of Pharmaceutical Services in Brazil. The results of this process can be taken as a starting point for the development of pharmaceutical services management capacity indicators also in other countries.KEYWORDS: Health Evaluation, Health Management, Pharmaceutical Services, PNAUM