El debate teórico de la relación estrategia-estructura tiene al menos tres corrientes explicativas. Sin embargo, esta relación no se ha estudiado en un contexto de crisis como la de la COVID-19 y tampoco en instituciones de educación superior (IES). Viendo la estrategia desde el modelo de negocio, y su relación con la innovación organizacional, se analizaron los planes de desarrollo institucional y se realizaron entrevistas semiestructuradas con el modelo Connectivity Humanness and Empathy (CHE) a 11 IES en Colombia. Los resultados muestran que las IES no cambiaron su modelo de negocio, pero lograron implementar en pocas semanas una estrategia proyectada a varios años, presentando innovaciones organizacionales que las orientan hacia la transformación digital.