Wavelet analysis of DNA sequences

Uncertainty and Symmetries in DNA Sequences

“…Some interesting attempts to add more information concerning the nucleotide distribution and the existence of patterns were given by the wavelet analysis of DNA (see e.g. [1,3,4,12,13,17,[46][47][48][50][51][52][53]). In particular in [12,13,46,47,50,51] it has been shown that although the DNA sequence looks very similar to a random sequence the wavelet coefficients of the DNA walks are clearly distributed according to some rule while the random walks are not.…”

“…Almost all these papers are aiming to visualize the existence of regular patterns in nucleotide distributions [1,4,6,7,9,12,13,[16][17][18][19][20][21][22][23]25,[29][30][31][32][35][36][37]41,42,[45][46][47][48][49] and the existence of long range correlation [2,3,5,8,10,11,14,15,[24][25][26][27][28]33,34,[38][39][40][41]43,44]. At the moment, we can assume that nu...…”

Joint Use of Different Homogeneity Testing Criteria for Latent Periodicity Revelation in Biological Sequences

“…Для выявления периодичности в биологических строках ранее широко использовались методы Фурье-и вейвлет-анализа [17][18][19][20][21], комбинаторные методы и методы динамического программирования [1, 3,4,[22][23][24], различные статистические критерии проверки однородности строк [25][26][27][28][29] и др., см., например, обзор [30]. Однако по сравнению со статистическими критериями Фурье-анализ имеет плохую чувствительность к паттернам периодичности, размер которых в несколько раз превышает размер алфавита анализируемой строки [26].…”