Yellow Fever Virus Maintenance in Trinidad and Its Dispersal throughout the Americas

Auguste, Albert J.; Lemey, Philippe; Pybus, Oliver G.; Suchard, Marc A.; Salas, Rosalba; Adesiyun, Abiodun A.; Barrett, Alan D.T.; Tesh, Robert B.; Weaver, Scott C.; Carrington, Christine V. F.

doi:10.1128/jvi.00588-10

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“…Bootscanning was conducted in a slide window of 200 nt with 20-nt steps. The Trinidadian strain TVP 11767 (HM582851) was used as the reference (2).…”

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confidence: 99%

Genomic and Phylogenetic Characterization of Brazilian Yellow Fever Virus Strains

Nunes

Palacios

Cardoso

et al. 2012

J Virol

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Globally, yellow fever virus infects nearly 200,000 people, leading to 30,000 deaths annually. Although the virus is endemic to Latin America, only a single genome from this region has been sequenced. Here, we report 12 Brazilian yellow fever virus complete genomes, their genetic traits, phylogenetic characterization, and phylogeographic dynamics. Variable 3′ noncoding region (3′NCR) patterns and specific mutations throughout the open reading frame altered predicted secondary structures. Our findings suggest that whereas the introduction of yellow fever virus in Brazil led to genotype I-predominant dispersal throughout South and Central Americas, genotype II remained confined to Bolivia, Peru, and the western Brazilian Amazon.

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“…Bootscanning was conducted in a slide window of 200 nt with 20-nt steps. The Trinidadian strain TVP 11767 (HM582851) was used as the reference (2).…”

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Genomic and Phylogenetic Characterization of Brazilian Yellow Fever Virus Strains

Nunes

Palacios

Cardoso

et al. 2012

J Virol

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“…Entre tales especies se destacan las del género Alouatta spp., que resulta involucrado en la mayoría de los casos de muerte reportados en primates no humanos en zonas con circulación comprobada del virus de la fiebre amarilla. Los dos aspectos clave para resaltar en este género son su amplia distribución (3,4,13,14).…”

Section: Discussionunclassified

Distribución geográfica del mono aullador rojo (Alouatta seniculus) y la fiebre amarilla en Colombia

Piedrahita-Cortés

Soler-Tovar

2016

biomedica

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Contribución de los autores:Juan Piedrahita-Cortés: revisión de literatura y escritura del manuscrito Diego Soler-Tovar: diseño de mapas en Diva-Gis y modelos de nicho ecológico en Maxent, diseño y contribución a la estructuración del manuscrito Todos los autores contribuyeron a la concepción de la idea de investigación, a la interpretación de los resultados y la redacción del manuscrito. Introducción. Colombia es un país con gran diversidad de primates no humanos, entre los cuales se destaca el mono aullador rojo (Alouatta seniculus) por su distribución y el papel que desempeña en la presentación de la fiebre amarilla. Objetivo. Describir la coincidencia geográfica del hábitat del mono aullador rojo y la presencia de fiebre amarilla. Materiales y métodos. Se hizo un estudio de carácter descriptivo. Los antecedentes de la fiebre amarilla en Colombia se obtuvieron de los informes y boletines del Instituto Nacional de Salud y del estudio de 2013 de Segura, et al. La presencia de A. seniculus se determinó con base en la plataforma Global Biodiversity Information Facility y el Sistema de Información sobre Biodiversidad de Colombia; los mapas se elaboraron con el programa Diva-Gis, y el modelo de nicho ecológico bajo las condiciones actuales, con el programa Maxent.Resultados. Los departamentos con mayor presencia de A. seniculus fueron Antioquia, Meta y Casanare; en 69,5 % de los departamentos con antecedentes de notificación de fiebre amarilla también había A. seniculus. El modelo de nicho ecológico evidenció que Antioquia, Bolívar, La Guajira, Magdalena, Meta, Santander, Norte de Santander y Vichada tenían porciones de territorio con un índice de probabilidad cercano a 0,9 (90 %). Conclusiones. En 69,5 % de los departamentos con antecedentes de fiebre amarilla se registró la presencia de A. seniculus, lo cual resulta relevante por el papel que los primates no humanos desempeñan como reservorio natural del virus y por su contribución en la presentación de la fiebre amarilla, lo cual les confiere gran utilidad como centinelas.

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“…Recently, many studies have analysed spatial spread of epidemics using analogous Bayesian phylogeographic methods for only one sample of the geographical process [12,24,25]. In addition to the potential public health significance, these studies are motivated by the fact that rapidly evolving pathogens allow for viral sampling in a time frame comparable to sequence evolution, leading to reconstructions of geographical diffusion in real time units.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Graph hierarchies for phylogeography

Cybis

Sinsheimer

Lemey

et al. 2013

Phil. Trans. R. Soc. B

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One contribution of 18 to a Discussion Meeting Issue 'Next-generation molecular and evolutionary epidemiology of infectious disease'. Bayesian phylogeographic methods simultaneously integrate geographical and evolutionary modelling, and have demonstrated value in assessing spatial spread patterns of measurably evolving organisms. We improve on existing phylogeographic methods by combining information from multiple phylogeographic datasets in a hierarchical setting. Consider N exchangeable datasets or strata consisting of viral sequences and locations, each evolving along its own phylogenetic tree and according to a conditionally independent geographical process. At the hierarchical level, a random graph summarizes the overall dispersion process by informing which migration rates between sampling locations are likely to be relevant in the strata. This approach provides an efficient and improved framework for analysing inherently hierarchical datasets. We first examine the evolutionary history of multiple serotypes of dengue virus in the Americas to showcase our method. Additionally, we explore an application to intrahost HIV evolution across multiple patients.

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Yellow Fever Virus Maintenance in Trinidad and Its Dispersal throughout the Americas

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Genomic and Phylogenetic Characterization of Brazilian Yellow Fever Virus Strains

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Distribución geográfica del mono aullador rojo (Alouatta seniculus) y la fiebre amarilla en Colombia

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