A química combinatorial emergiu ao longo dos últimos anos como uma importante ferramenta na pesquisa de moléculas pioneiras para a modelagem de novos fármacos. Nesta perspectiva, a diversidade estrutural e a vasta gama de propriedades biológicas exibidas pelos metabolitos secundários, constituem um desafio à implementação de estratégias combinatórias na síntese e derivatização de produtos naturais. Este artigo ilustra a aplicação das técnicas combinatórias no desenho e formação de bibliotecas baseadas em produtos naturais de diversa origem biossintética, e seus análogos estruturais.Combinatorial chemistry has emerged over the last few years as an important tool for drug discovery and lead optimisation. In this approach, the molecular diversity and range of biological properties displayed by secondary metabolites constitutes a challenge to combinatorial strategies for natural products synthesis and derivatization. This article surveys the application of combinatorial techniques to the design of "natural product-looking" libraries covering a wide range of structural diversities.