A 1-Mb resolution radiation hybrid map of the canine genome

Abstract

The purebred dog population consists of >300 partially inbred genetic isolates or breeds. Restriction of gene flow between breeds, together with strong selection for traits, has led to the establishment of a unique resource for dissecting the genetic basis of simple and complex mammalian traits. Toward this end, we present a comprehensive radiation hybrid map of the canine genome composed of 3,270 markers including 1,596 microsatellite-based markers, 900 cloned gene sequences and ESTs, 668 canine-specific bacterial artificial chromosome (BAC) ends, and 106 sequence-tagged sites. The map was constructed by using the RHDF5000-2 whole-genome radiation hybrid panel and computed by using MULTIMAP and TSP͞CONCORDE. The 3,270 markers map to 3,021 unique positions and define an average intermarker distance corresponding to 1 Mb. We also define a minimal screening set of 325 highly informative well spaced markers, to be used in the initiation of genome-wide scans. The well defined synteny between the dog and human genomes, established in part as a function of this work by the identification of 85 conserved fragments, will allow follow-up of initial findings of linkage by selection of candidate genes from the human genome sequence. This work continues to define the canine system as the method of choice in the pursuit of the genes causing mammalian variation and disease.dog ͉ microsatellites ͉ ESTs ͉ bacterial artificial chromosome ends

Finding cardiovascular disease genes in the dog

“…Generally, 300-500 markers spanning the genome at a 5-10 centimorgan (cM) density are used for an initial genome wide scan 19,20,51 . Genetic markers are places in the genome where there is variation, or polymorphism, between alleles.…”

“…Recent studies have brought advances in understanding the genetics of breed development 15 and the availability of ever higher resolution maps [16][17][18][19][20][21] . These have led to the mapping of disease loci for a variety of diseases including metabolic disorders 22,23 , blindness [24][25][26][27][28] , cancer 29,30 neurologic disorders 31,32 , hip dysplasia 33 epilepsy 34 , as well as several morphologic traits 35,36 .…”

Le chien, un modèle pour la génétique des mammifères

“…C'est ainsi que nous avons construit une collection d'hybrides cellulaires [30] et avons isolé et caractérisé plusieurs centaines de marqueurs canins [31][32][33]. Ce panel RH constitué de 118 lignées indépendantes résultant de la fusion aléatoire de fibroblastes canins irradiés à 5 000 rads et de cellules de hamster porteuses d'une mutation dans le gène de la thymidine kinase a permis la construction de cartes de plus en plus riches en marqueurs polymorphes (microsatellites) ou en gènes [34][35][36][37]. Ce panel RH, distribué à la communauté internationale s'intéressant à la génétique canine, sert actuellement de référence pour la cartographie de ce génome ainsi que pour la localisation de gènes candidats ou impliqués dans des anomalies génétiques spécifiques de races.…”

“…Ce panel RH, distribué à la communauté internationale s'intéressant à la génétique canine, sert actuellement de référence pour la cartographie de ce génome ainsi que pour la localisation de gènes candidats ou impliqués dans des anomalies génétiques spécifiques de races. La dernière version de la carte RH [37] comporte 3 270mar-queurs (Figure 1). Avec une résolution supérieure à 1 marqueur par mégabase, elle fournit un outil majeur pour la localisation et l'identification des gènes morbides impliqués dans les diffé-rentes affections à composantes génétiques.…”

Isolation and characterization of the canine serotonin receptor 1B gene (htr1B)

“…Information about canine htr1B is currently limited to its position on the canine map (Guyon et al, 2003) and partial nucleotide sequence of the coding region (Sgard et al, 1996). This paper reports on the isolation and characterization of a canine bacterial artificial chromosome (BAC) clone containing htr1B.…”