Introdução: A necessidade do fortalecimento das iniciativas do modelo produtivo de agricultura familiar e do produtor rural em harmonia com os procedimentos de formalização e da produção de alimentos seguros requer da Vigilância Sanitária melhor apreciação do risco relacionado à essas atividades. Objetivo: Analisar o panorama das inadequações às boas práticas de fabricação detectadas nas inspeções sanitárias de produtores rurais ou de agricultores familiares, do estado de Minas Gerais. Método: Estudo transversal elaborado a partir das informações obtidas na “Planilha de notificações de riscos e situações de riscos”, da Superintendência de Vigilância Sanitária de Minas Gerais, resultado de todas as inspeções realizadas entre 2017 e 2019 nos estabelecimentos produtores de alimentos dos produtores rurais e agricultores familiares, dos 853 municípios do estado de Minas Gerais. Resultados: Foram analisadas 3.442 notificações de risco de inspeções sanitárias, sendo possível verificar que os maiores percentuais de não atendimento aos requisitos higiênico-sanitários foram a ausência da capacitação formal dos manipuladores, em 26,00% das inspeções; o uso de água não potável, detectada em 16,50% e a não obediência às boas práticas, pelos manipuladores, citada em 14,20%. Ao contrário, as inadequações de tempo e temperatura no transporte (4,70%), o uso de matérias-primas sem registros (5,10%) e a exposição inadequada (6,20%) dos produtos finais representaram as não conformidades menos referidas nos laudos. Conclusões: As principais não conformidades verificadas nas inspeções da produção de alimentos pelos pequenos empreendimentos rurais de Minas Gerais demonstraram uma polarização no atendimento às exigências sanitárias, com a priorização de adequações à estruturação física, em detrimento aos processos educativos e de saneamento básico. Tais limitações no cumprimento das determinações normativas ressaltaram as fragilidades basilares que dificultam a inclusão produtiva, devendo servir de referência para as iniciativas de desenvolvimento do setor.