As savanas neotropicais estão distribuídas predominantemente no território brasileiro na forma de fitofisionomias que variam de campo cerrado a cerradão. A variabilidade na riqueza é tão marcante que menos de 15% da diversidade é mantida ao longo de sua abrangência. Para contribuir com o entendimento dos padrões de distribuição da vegetação do cerrado e com a diferenciação das comunidades ecotonais setentrionais, utilizou-se um banco de dados com 482 comunidades de cerrado sensu lato, em diferentes expressões florísticas, que acumulou 1221 espécies lenhosas. Calculou-se padrões de composições similares entre comunidades (floras areais), destacando as concentrações florísticas setentrionais, e evidenciou-se elevado grau de β-diversidade mediante a formação de nove floras sinareais. Tais níveis de rotatividade atestam que numerosas unidades de conservação em diferentes regiões são necessárias para proteger toda a diversidade de espécies, fisionomias e funcionalidades dos cerrados. Os resultados fornecem uma atualização e complementação científica na qual os tomadores de decisão nacionais podem contextualizar o significado mesológico dos cerrados brasileiro como condutores ambientais conectados a um sistema em maior escala. Biogeographic connections of Brazilian savannas: partition of marginal and disjunct diversity and conservation of northern ecotonal tropics in a biodiversity hotspot A B S T R A C TThe neotropical savannas are distributed predominantly in the Brazilian territory in the form of phytophysiognomies that vary from Campo limpo of Cerrado to Cerradão. The variability in richness is so remarkable that less than 15% of diversity is maintained throughout its range. To contribute to the understanding of the distribution patterns of the Cerrado vegetation and to the differentiation of northern ecotonal communities, a database of 482 communities of Cerrado sensu lato, in different floristic expressions, that accumulated 1.221 woody species was used. Similar composition patterns were calculated between communities (“areal” floras, typical of each area), highlighting the northern floristic concentrations, and a high degree of β-diversity was evidenced by the formation of nine synareal floras. These levels of turnover attest that numerous protected areas in different regions are necessary to protect all species diversity, physiognomies and functionalities of the cerrados. The results provide an update and scientific complementation in which national decision makers can contextualize the mesological meaning of Brazilian cerrados as environmental conductors connected to a larger scale system.Keywords: Cerrado, beta diversity, phytogeography, ecotone, synareal flora, marginal and disjunct savannas