Colorectal cancer is the frequent cause of mortality in Western world. Metastasis associated with colon cancer 1 (MACC1) gene acts as a key regulator of HGF/Met pathway and is expressed highly in colorectal cancer. MACC1 serves as a prognostic indicator for invasion and metastasis of several cancers. Potential links between MACC1 AS1 RNA locus that located in the intron 6 of MACC1 gene and high expression of MACC1 are unknown. Herein, the secondary structure of MACC-AS1 noncoding RNA and the complementarities between MACC1 mRNA and MACC1-AS1 were analyzed by RNAFold and IntaRNA programs. Since MACC1-AS1 has a proper secondary structure to hybridize with MACC1 mRNA, a potential role of MACC1-AS1 in regulation of MACC1 expression could be thought. The study included 104 controls and 96 patients. Genomic DNA was isolated from blood samples and analyzed by PCR-SSCP and sequence analysis. Three fragments and six genotypes (1, 2, 3, 1&2, 1&3, 2&3) were observed in the exon 1 of MACC1-AS1. A and GT (rs200028381) insertions in genotype 1, G>A substitution and A insertion in genotype 2 were detected. However, no association was observed between these SNPs and colorectal cancer (P>0.05). This is the first investigation on MACC1-AS1 gene mutation in colorectal cancer using molecular techniques. Novel SNPs in exon 1 were identified. In order to understand the association between colorectal tumors and MACC1-AS1 RNA expression clearly; further analysis, like Western blotting and immunohistochemistry of MACC1 and RNA analysis for MACC1-AS1, are needed. Keywords: Colorectal cancer; DNA sequence analysis; MACC1-AS1; mutation screening Özet Kolorektal kanser, batı dünyasında sık gözlenen ölüm nedenlerindendir. Metastazla ilişkili kolon kanseri 1 (MACC1) geni, HGF/Met yolağının anahtar düzenleyicisidir. Kolorektal kanserde yüksek oranda ifade olmaktadır. MACC1 geninin altıncı intronunda MACC1-AS1 karşıt anlamlı RNA bölgesi bulunmaktadır. Bu çalışmada, kodlanmayan MACC1-AS1 RNA'sının ikincil yapısı RNAFold, MACC1 mRNA'sı ile arasındaki etkileşim IntaRNA adlı programlarla analiz edilmiş ve MACC1 gen ifadesinin kontrolünde rol almaya uygun yapısı nedeniyle kolorektal kanserde gözlenen MACC1'in yüksek ifadesi ile ilişkili olabileceği varsayılmıştır. Konu ile ilgili açık bir bilgi bulunmamaktadır. Bu çalışma MACC1'in kodlanmayan bölgesindeki (MACC1-AS1) olası genomik değişimler ve kolorektal kanser arasındaki bağlantıyı araştıran ilk çalışmadır. Çalışmaya 104 kontrol ve 96 hasta birey katılmıştır. Kan örneklerinden elde edilen genomik DNA polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle çoğaltılmış ve tek zincir konformasyon polimorfizmi (SSCP) ile analiz edilmiş ve dizin analizine tabi tutulmuştur. Kontrol ve hasta örneklerinde ekzon 1'de, üç farklı banddan (1, 2, 3) oluşan 6 genotip (1, 2, 3, 1&2, 1&3, 2&3) gözlenmiştir. Dizin analizi neticesinde genotip 1'in bir A eklenmesi ve ayrıca GT eklenmesi (rs200028381), genotip 2'nin ise G>A yer değişimi ve A eklenmesi barındırdığı görülmüş; ancak, genotip 3'te bir farklılık bulunamamışt...