Las toxinas Cry de Bacillus thuringiensis (Bt) son utilizadas como bioinsecticidas en la agricultura. Se precisa de métodos confiables que permitan analizar las características que se confieren a las plantas genéticamente modificadas (GM) durante su desarrollo, antes de su comercialización. El objetivo del trabajo fue estandarizar metodologías para el análisis de la expresión de genes y proteínas conferidas al algodonero GM durante sus diferentes etapas fenológicas en campo. Como principal aplicación práctica del estudio realizado, las metodologías estandarizadas se podrán emplear en la caracterización de cultivos GM que se desarrollen y para los cuales sea necesario realizar su análisis de riesgo. Para ello se procesaron muestras de tejido vegetal en diferentes etapas fenológicas obtenidas de predios comerciales de algodonero GM en el Valle del Yaqui. En los diferentes tejidos se cuantificó la expresión génica y proteica mediante análisis RTq-PCR y Elisa, respectivamente. Los resultados obtenidos muestran variación en la expresión de los genes conferidos a lo largo del desarrollo de la misma variedad y entre los diferentes sitios donde se ubicaron los cultivos. Los mayores niveles de expresión se identificaron, como se esperaba, en las etapas tempranas del cultivo (valores medios de 8.5 μg g-1 para Cry1Ac y 63.1 μg g-1 para Cry2Ab) comparados con lo observado en etapas tardías o maduras (valores medios de 0.05 y 0.3 μg g-1 para Cry1Ac y Cry2Ab, respectivamente). Por lo tanto, se concluye que las técnicas de RTq-PCR y ELISA son adecuadas para evaluar la expresión espacial y temporal de genes que se confieran a plantas GM, información requerida para caracterizar la exposición al peligro y poder realizar el análisis de riesgo.