Objetivou-se com esse estudo verificar de que formas a COVID-19 foi abordada no contexto escolar e a interlocução com o Programa Saúde na Escola neste cenário. Estudo de caso de abordagem quantitativa-descritiva realizado em duas escolas do município de Crato-Ceará, Brasil. Contou com a participação de 35 professores que responderam a um questionário elaborado pelo Google Forms com perguntas abertas e fechadas. Os dados foram compilados para o editor de planilhas Excel, organizados por meio de tabelas, gráficos e figuras com análise a partir da literatura inerente à temática. Os aspectos éticos foram cumpridos de acordo com as orientações estabelecidas pela Resolução nº 466 de 2012 do Ministério da Saúde/Conselho Nacional de Saúde. Dentre os professores, 60% declararam desconhecimento total acerca do programa e 48,6% que não saberiam apontar sua relevância mediante sua insipiência no tocante a proposta. Dentre eles, apenas 22,9% afirmaram ter participado de uma a três ações inerentes ao programa, e que tais atividades são planejadas pelos professores, profissionais de saúde e a gestão escolar. Com relação à condução de atividades com foco na COVID-19, 48,6% confirmaram tais práticas, a partir de estratégias de ensino e aprendizagem diversificadas. Os temas debatidos em sala de aula foram a situação vacinal, globalização, adaptações da escola, problemas sociais e familiares e as fake news. Para tanto, verifica-se que os desafios dos professores foram diversos e complexos no contexto da COVID-19, requerendo um novo posicionamento do programa no tocante ao trabalho em situações de crise e emergência sanitária.