Esta pesquisa teve como objetivo analisar as fichas cadastrais e prontuários médicos dos alunos matriculados na Associação de Pais e Amigos dos Excepcionais (APAE) de Mandaguaçu, PR, a fim de estabelecer um protocolo eletrônico com as informações médicas disponíveis. Inicialmente, constatou-se a ausência de uma ficha médica padronizada e a limitada disponibilidade de informações precisas. Para suprir essa lacuna, foi realizada uma revisão sistêmica de artigos científicos, identificando as informações relevantes para a clínica médica de pacientes especiais, destacando as manifestações sindrômicas mais relevantes. Com base nessa revisão bibliográfica, foi desenvolvido um protocolo para preenchimento de informações, abrangendo os campos essenciais para a elaboração de um plano terapêutico e pedagógico, com ênfase nas síndromes genéticas relevantes. Essa abordagem buscou fornecer uma ferramenta padronizada para a coleta de informações médicas precisas e auxiliar na elaboração de um plano de cuidados abrangente para os alunos da APAE.