ABSTRACT. Biomarkers are measurements within an organism that respond to environmental effects and are used as tools in bioassessment programs since they reflect physiological changes induced by exposure to pollutants. The hepatosomatic index (HSI) and the condition factor (CF) in three fish species Geophagus brasiliensis, Hypostomus affinis and Hypostomus auroguttatus were used to assess effects of pollutant stress in a tropical river during two seasons (dry and wet). Fish from the least disturbed sites had the lowest condition factor (CF) and the lowest HSI, whereas those from sites near pollutant discharges had the highest CF and HSI. Higher HSI and lower CF occurred during the dry season. It is suggested that species adapted to stressful conditions take advantage on food availability from organic loads or unoccupied niches by lesser tolerant species, increasing CF. We concluded that higher HSI values were directly associated with environmental stress whereas the higher CF values are related to availability of food resources derived from organic loads or other sources. CF and HSI are simple and cost-effective, thus suitable as routine screening tools in pollution monitoring, but caution should be taken in relating changes in physiological measurements and any specific pollutant to prevent misinterpretation.Keywords: condition factor, hepatosomatic index, fishes, monitoring, rivers.O uso de biomarcadores para avaliar efeitos de estresses de poluentes sobre espécies de peixes em um rio tropical no sudeste do Brasil RESUMO. Biomarcadores são medidas dentro de um organismo que respondem a efeitos ambientais e são utilizadas em programas de bioavaliação, já que refletem alterações fisiológicas induzidas pela exposição a poluentes. O índice hepatossomático (IHS) e o fator de condição (FC) das espécies Geophagus brasiliensis, Hypostomus affinis e Hypostomus auroguttatus foram calculados em um rio tropical durante duas estações (seca e cheia). Peixes de locais menos alterados apresentaram menores FC e IHS, enquanto os de locais próximos de descargas de poluentes apresentaram maiores FC e IHS. Maiores IHS e menores FC ocorreram durante a estação seca, comparados com a estação chuvosa. É sugerido que espécies adaptadas às condições estressantes levam vantagem da disponibilidade de alimentos próxima às descargas orgânicas ou nichos não ocupados por espécies menos tolerantes, aumentado o FC. Os valores mais elevados do IHS foram diretamente associados ao estresse ambiental, enquanto os valores mais elevados FC estão relacionados com a disponibilidade de recursos alimentares derivados de descargas orgânicas ou outras fontes. FC e IHS são simples e de baixo custo, portanto, adequados como ferramentas no controle da poluição, mas cuidados devem ser tomados ao relacionar suas mudanças às medições fisiológicas ou a qualquer poluente específico para evitar efeitos de interferência.Palavras-chave: fator de condição, índice hepatossomático, peixes, monitoramento, rios.