Salmonella es una bacteria patógena considerada una amenaza para la industria alimentaria, siendo relevante su detección oportuna. El objetivo del estudio fue evaluar la reacción en cadena de polimerasa en tiempo real acoplado a separación inmunomagnética (rtPCR-IMS) como método alternativo a la Norma Oficial Mexicana (NOM-114-SSA1-1994) para la detección de Salmonella en carne de res. Los parámetros evaluados fueron límite de detección, sensibilidad, especificidad, selectividad (inclusión y exclusividad), y grado de concordancia entre ambos métodos para la detección de Salmonella en muestras de carne de res presuntivas y contaminadas artificialmente. La incidencia de Salmonella en las muestras presuntivas de carne (n= 60) osciló de 20.0 a 21.6 % por ambos métodos. En las muestras inoculadas (n= 60), la tasa de detección de Salmonella por rtPCR-IMS (93.3 %) y NOM-114-SSA1-1994 (98.3 %) mostró una coincidencia de 56 ocasiones con una desviación negativa. La comparación de rtPCR-IMS y NOM-114-SSA1-1994 en carne de res reportó una exactitud de 98.3 %, sensibilidad de 98.2 %, especificidad de 100 % y selectividad de 100 %. El límite de detección para ambos métodos fue 1-5 UFC·25 g-1 de carne. El análisis estadístico indica que el rtPCR-IMS es equivalente al método de referencia para la detección de Salmonella en carne de res. Estos resultados advierten la alta incidencia de Salmonella en carne de res y proponen al rtPCR-IMS como un método idóneo y rápido para el control de Salmonella en la industria cárnica.