El cancro bacteriano es una de las enfermedades del tomate (Solanum lycopersicum), la cual es causada por la bacteria Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (Cmm). En el presente trabajo se realizó la identificación de Cmm mediante PCR de punto final utilizando los primers CMM5F y CMM6R. Se evaluó la efectividad de los extractos metanólicos de Agave striata y Fouquieria splendens sobre Cmm in vitro e invernadero, así también se obtuvo información acerca de la composición de fitoquímicos presentes en las plantas. El ensayo in vitro se realizó mediante la técnica de microdilución en placa desde los 3.9 mg/L a 1000 mg/L, se determinó la Ci50 y Ci90 de cada extracto . En el experimento en invernadero se evaluó el efecto de los extractos y un producto orgánico “Biobacter” contra Cmm, se calculó la incidencia, severidad y parámetros morfométricos. Los resultados in vitro indicaron que los extractos de F. splendens y A. striata presentan inhibición sobre el fitopatógeno, sin embargo, el extracto de F. splendens mostro control a menores concentraciones que con A striata. El ensayo en invernadero demostró que la incidencia, severidad y parámetros morfométricos fue menor con el extracto de F. splendens, así después con el producto Biobacter.