As malformações anorretais (MAR) constituem um grupo complexo de anomalias congênitas que afetam o desenvolvimento do ânus, reto e trato urogenital. Objetivo: avaliar a prevalência e incidência de MAR em recém-nascidos até 30 dias após o nascimento. Metodologia: estudo transversal, retrospectivo e documental, realizado na Maternidade Nossa Senhora de Lourdes (MNSL), Sergipe, de 2018 a 2022. Os dados foram coletados dos prontuários da maternidade e do Sistema de Informação sobre Nascidos Vivos (SINASC) com foco na classificação das malformações, intervenções primárias realizadas e desfechos clínicos. Resultados: no período do estudo, foram registrados 47 neonatos portadores de MAR, no estado de Sergipe. Desses, 12 ocorreram na MNSL, sendo os mais frequentes do tipo baixo (50%). As intervenções mais comuns incluíram anorretoplastia sagital posterior (ARPSP) em 50% dos casos e colostomias em 30%. Os eletroestimuladores estavam disponíveis e foram utilizados em 100% das ARPSP realizadas. Nos primeiros 30 dias, a taxa de mortalidade pós-operatória foi de 25% e 16.67% de neonatos falecidos sem realizar qualquer intervenção cirúrgica, devido à gravidade das patologias associadas. A taxa de complicação pós-operatória foi de 50% e a taxa de mortalidade nos pacientes sem comorbidades associadas foi de 0% Conclusão: a incidência de MAR, em Sergipe, no período, foi de 0,256 por 1000 nascimentos. 25,53% dos casos foram atendidos na MNSL, e alcançaram uma taxa de mortalidade global de 50%. Apesar da disponibilidade de recursos, as MAR apresentam desafios consideráveis, especialmente para os pacientes com graves patologias associadas.