Pesquisas com manipulação de recursos são ferramentas essenciais para entender o impacto das mudanças no ecossistema proporcionadas por eventos extremos, como uma seca prolongada em ambiente úmido. Objetivou-se avaliar o estoque de C e nutrientes no solo, e a massa e teores de C e N de agregados do solo de floresta tropical úmida sob 14 anos de seca induzida em experimento de longa duração (ESECAFLOR) na Floresta Nacional de Caxiuanã, Amazônia oriental. O estudo foi conduzido nas parcelas denominadas Parcela A (controle) e Parcela B (exclusão de aproximadamente 50% da água da chuva continuamente desde 2001), cada uma com 1 ha. Amostras de solo foram coletadas em três camadas (0,0-0,1; 0,1-0,2; 0,2-0,3 m) em março de 2015, em quatro pontos (n=4) utilizando-se trado holandês (nutrientes), amostrador de anel cilíndrico (densidade) e trincheira para retirada de monólitos de 1 dm³ para agregados do solo. Foram determinados os teores de C, N, P, Ca, Mg e K, a densidade do solo, a massa de agregados das classes de diâmetro: >4; 4-2; 2-1; 1-0,25; 0,25-0,053 e <0,053 mm e os teores de C e N em cada classe de agregados. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias foram comparadas via teste t (estoque C e nutrientes) e Tukey (massa e teores de C e N dos agregados). Ocorreu diferença significativa na densidade do solo e estoque de nutrientes entre as parcelas A e B. O estoque de C do solo foi maior na Parcela A e os estoques de P, K e Mg foram maiores na parcela B em todas as camadas avaliadas. A Parcela A apresentou maiores massas de macroagregados, e em ambas parcelas houve maior teor de C e N nos microagregados. A seca induzida na floresta afetou a agregação do solo e a dinâmica de C.