Objetivo: explicar la manera como la distribución del agua, en el modelo hispánico implementado en 1614 en los valles de Lima, se desborda a fines del siglo XVII, por la variabilidad climática, causante de una crisis hidráulica en el Virreinato del Perú. Metodología: la historia del clima estudia, entre otros temas, los pleitos de aguas y las principales inundaciones que destruyen la infraestructura hidráulica agraria (canales de riego, bocatomas y tajamares), para diferenciarlos de causas antrópicas, como la manipulación en la distribución del agua; para ello analiza, en este caso, los destrozos causados que generan crisis e inseguridad hídrica en los valles de Lima. Originalidad: la construcción de indicadores climáticos relacionados con la medición del caudal hídrico en las inundaciones es un tema poco explorado en la historia del clima de América Latina; en particular, no se había estudiado el rol de las inundaciones como parte de una crisis más dilatada en el sector de la infraestructura hidráulica agraria, denominada crisis hidráulica. Conclusiones: la crisis hidráulica en los valles de Lima fue producto de la variabilidad climática y conllevó el monopolio en la distribución del agua por parte de hacendados, los cuales disponían de las partes superiores del canal; adicionalmente, la crisis se agravó aún más por la falta de mantenimiento y la prolongada destrucción de la infraestructura hidráulica.