Dans le but d’évaluer le degré de pollution agricole des eaux de pêcheries de crevettes de l’Ouémé inférieur, des échantillons d’eau ont été collectés au niveau de trois stations (Ahlan, Aguigadji et Sele) considéré comme contaminé et d’une station témoin (Toho) et analysés au laboratoire afin de évaluer les paramètres physico-chimiques, les résidus de pesticides ainsi que les concentrations des métaux lourds contenus dans ces eaux. Ces échantillons ont été prélevés en saison pluvieuse en 2021 et en saison sèche en 2022 avec des répétitions chaque mois pendant trois mois de chaque saison. Les valeurs moyennes des concentrations de chaque paramètre ont été calculées pour chaque saison par le logiciel R. 7. 1. Parmi les paramètres physico-chimiques évalués, les éléments Azoté et phosphorés ont montré une élévation significative des valeurs en saison pluvieuse par rapport à la saison sèche. Les concentrations obtenues sont supérieures à la norme de l’OMS au niveau des stations contaminées et moindre à la station témoin en saison sèche et pluvieuse. Quatorze (14) matières actives de pesticides dont l’Aldrine, Emamectine, Atrazine, Butachlor, dichloro diphényl trichloroéthane (DDT), Abamectine, Lambda-Cyhalotrin, Isopropalamine, Cyperméthrine, Glyphosate, Imazethapyr, Endosulfan, Monocozèbe, Nicosulfiron ont été détectés en saison pluvieuses et huit (08) matières actives dont Aldrine, Emamectine, Atrazine, DDT, Lambda-Cyhalotrin, Abamectine, Glyphosate, Endosulfan, en saison sèche. La matière active la plus représentative est celle du Glyphosate avec une valeur de 13,70±6,79μg/L enregistré en saison pluvieuse à la station d’Ahlan et présente également dans les autres stations. Cette valeur enregistrée est supérieure à la norme de l’OMS principalement au niveau des stations contaminées. Les matières actives les plus élevées détectées en saison sèche sont Abamectine, Emamectine et la Lambda-Cyhalotrin en dehors du Glyphosateet de l’Atrazine au niveau de toutes les stations contaminées et presque inexistantes à la station témoin. Les métaux lourd détectés dans les eaux de l’Ouémé inférieur sont Zn, Pb, Cd, As, Mg, Ni, Fe, Hg, Cu, Cr. En saison pluvieuse seul le Plomb et Zinc ont montré des concentrations supérieures aux normes de l’OMS. La majeure partie des éléments métalliques ont présenté des concentrations plus élevées en saison sèche qu’en saison pluvieuse. Les eaux de l’Ouémé inférieur ont présenté des concentrations moyennes élevées en Cadmium, Nikel, Manganèse et Arsenic dans les stations contaminées. La station témoin a été caractérisée par des concentrations moindres en métaux lourds et parfois inexistants. Les terres agricoles autours des eaux, sont les sources principales des contaminants détectés dans les eaux entrainant ainsi la contamination de ces eaux et plus loin pourrait affecter les organismes aquatiques qui y vivent.