Introducción: Los defectos congénitos cardíacos se presentan entre 4 a 10 por cada 1000 nacidos vivos y representan cerca del 10 % de las muertes. En la actualidad son pocos los hallazgos clínicos que sugieren un ecocardiograma anormal poco lo que se recurre a pruebas de tamizaje como la pulsioximetría, pero existen dudas sobre su precisión en ciudades de gran altitud. Objetivo: Determinar la relación entre los hallazgos clínicos de recién nacidos hospitalizados en una unidad a gran altitud y sus hallazgos ecocardiográficos. Métodos: Estudio histórico trasversal. Pacientes menores de 28 días de vida a quienes se les realizó un ecocardiograma como parte del abordaje diagnóstico, entre mayo del 2017 a enero del 2020. Se compararon las variables clínicas y paraclínicas con la presencia o no de hallazgos anormales ecocardiográficos mediante análisis bivariado y multivariado por regresión logística. Resultados: Se incluyeron 849 pacientes con medianas de edad de 4 días y 36 semanas de edad gestacional. Cinco recién nacidos (0.6 %) tuvieron una cardiopatía con defectos críticos, 25.2 % presentaron defectos no críticos (74.9 % presentó ductus arterioso persistente mayor de 2mm, 13.2 % comunicación interauricular mayor de 5 mm y 11.7 % hipertensión pulmonar) y en el 74.4 % fue normal. Al realizar el modelo multivariado, tener ≤7 días de vida (OR 2.1 [IC-95 % 1.22-3.34]), FiO2 >35 % (OR 2.02 [IC-95 % 1.42-2.86]), soplo cardíaco (OR 3.34 [IC-95 % 2.01-5.57]), malformación asociada (OR 2.35 [IC-95 %1.54-3.58]), dificultades alimentación (OR 1.57 [IC-95% 1.07-2.31]) y radiografía anormal (OR 1.54 [IC-95 % 1.04-2.31]), se comportaron como factores asociados de forma independientes para la presencia de un ecocardiograma anormal. Conclusiones: Este estudio detecto algunos hallazgos asociados a la presencia de ecocardiogramas normales que podría ayudar a crear un modelo predictivo para pacientes a gran altitud para mejorar el rendimiento de las pruebas de tamizaje desarrolladas a nivel del mar.