Este estudo investigou a exposição de onças-pintadas de vida livre a agentes virais selecionados em duas unidades de conservação federais no Pantanal de Mato Grosso, Brasil. Para a análise desses agentes virais, a maioria de caráter zoonótico, foram utilizados métodos sorológicos e moleculares. Nenhuma das onze onças-pintadas examinadas foi positiva na técnica de real-time RT-PCR para a detecção molecular dos agentes da Influenza aviária e Febre do Nilo Ocidental (WNF). Somente um animal foi positivo sorologicamente para a o vírus da Encefalite Equina do Leste (EEE) pela Microtécnica de vírus neutralização em culturas de células VERO, sendo este o primeiro relato da exposição de onças-pintadas. Todos os animais examinados s foram negativos para o vírus da Encefalite Equina do Oeste (WEE) e Venezuelana (VEE). Amostras de soro colhidas de 11 onças-pintadas foram submetidas a adois testes distintos para a detecção de anticorpos contra o vírus da raiva (Teste Rápido de Inibição de Foco de Fluorescência – RFFIT e Microteste Simplificado de Inibição da Fluorescência - SFIMT), resultando em cinco animais positivos, dos quase dois positivos para cada teste e um positivo quando submetido aos dois testes sorológicos. Além disso, três das 14 amostras submetidas a técnica de soroneutralização foram positivas para a pesquisa de anticorpos contra o vírus da cinomose (CDV) e 15 amostras positivas das 17 analisadas para a pesquisa de anticorpos contra o parvovírus canino (CPV) foram identificadas pela técnica de Inibição da Hemaglutinação (HI). De acordo com os resultados deste estudo, é pouco provável que os agentes virais aqui analisados representem ameaça à população de onças-pintadas nesta região.