A forma mais frequente de utilização da água que pode afetar a saúde do homem é a ingestão direta. A qualidade da água ingerida depende da fonte, do controle e tipo de tratamento, cujos parâmetros de avaliação quantitativo e qualitativo devem ser monitorados, em condições potáveis, com vistas a evitar a disseminação de doenças de transmissão hídrica. Objetivo: Nesse contexto, objetivou-se determinar os fatores de risco associados à ocorrência de Escherichia coli em escolas de município maranhense com baixo índice de desenvolvimento humano. Métodos: Para a realização do estudo foram selecionadas 11 escolas municipais do ensino fundamental e coletadas 24 amostras de água. Para a quantificação do número mais provável de Escherichia coli foi utilizado o sistema cromogênico enzimático e para determinar as variáveis associadas à ocorrência da bactéria em estudo foram determinados os fatores de risco por meio de análise estatística univariada com a utilização do teste não paramétrico qui-quadrado (χ2). Resultados: Das amostras analisadas, 70,84% (n= 17/24) apresentaram valores de E. coli em desacordo com a legislação brasileira que disciplina sobre o padrão de potabilidade. Em 81,81% (n= 9/11) das escolas foram quantificadas E. coli em pelo menos uma ou, em todas as amostras analisadas. A análise univariada revelou que as variáveis “tipo de reservatório”, “responsáveis pelo processo de higienização” e “não existência de algum método ou equipamento para tratamento da água” apresentaram associação estatística significativa (P< 0,05) à ocorrência de E. coli nas escolas avaliadas. Apesar do “sistema de abastecimento” e “existência de fonte de cultivo e/ou criatório de animais” não apresentarem significância estatística neste estudo, evidenciaram razão de chances acima de 1,0 e, por isso devem ser consideradas no estudo dos fatores de risco. Conclusão: Existe risco potencial de transmissão hídrica de E. coli nas escolas municipais avaliadas. O risco é agravado por envolver o consumo de água por crianças e adolescentes, que apresentam maior vulnerabilidade. É necessário que gestores e educadores promovam um acompanhamento frequente da higiene e qualidade microbiológica da fonte de abastecimento e reservatórios de água, além da adoção rápida de medidas preventivas e corretivas que perpassam pelo tratamento da água, higienização periódica e conservação dos reservatórios com o envolvimento de toda a comunidade escolar.