Na região do Alto Tietê/Cabeceiras encontram-se as cidades de Salesópolis, Biritiba Mirim e Mogi das Cruzes, em cujas zonas rurais desenvolve-se agricultura intensiva, com o cultivo de hortaliças. Dessa forma há o uso de agrotóxicos, fertilizantes e irrigação para o desenvolvimento das culturas. A principal drenagem dessa região está no Rio Tietê, cujas águas são captadas para abastecimento de parte da população de Mogi das Cruzes e da cidade de Biritiba Mirim. Por sua posição geográfica é de se esperar que parte do escoamento superficial, contendo agrotóxicos, seja carreado para este corpo d’água. Com o objetivo de conhecer a qualidade das águas do Rio Tietê, foi realizado o monitoramento dos rios Tietê, Biritiba e Córrego Cocuera, para avaliar quantativamente a presença dos compostos nitrogenados, nitrito, nitrato, nitrogênio amoniacal e os agrotóxicos atrazina, imidacloprido, tiametoxam, metalaxil, fipronil e difenoconazol. A atrazina foi escolhida porque é um herbicida que tem limites máximos estabelecidos pela legislação e os demais agrotóxicos foram escolhidos por serem utilizados na sub bacia do Alto Tietê Cabeceiras. A Escherichia coli foi avaliada para verificar a contaminação microbiológica. Como resultados das análises, não foi detectada contaminação por agrotóxicos, os componentes inorgânicos estudados (nitrato, nitrito e amônia) encontram-se dentro dos parâmetros da Resolução CONAMA 357/05 para as Classes 1 e 2. Os rios apresentaram contaminação, por E. coli, acima dos parâmetros estabelecidos pela Decisão de Diretoria nº 112/2013/ de 09 de abril de 2013 da Companhia Ambiental do Estado de São Paulo acima dos parâmetros para classe 2, no Rio Biritiba e Córrego Cocuera. Observase que é necessário um controle da qualidade da água nesse local, visto que é uma área de extensa produção de horticulturas que utiliza água desses corpos d’água para irrigação.