Introducción. Los departamentos de Chocó y Antioquia en Colombia presentan condiciones climáticas y de vegetación que favorecen el establecimiento de especies de vectores del género Lutzomyia y la transmisión de Leishmania spp. a poblaciones humanas que ingresan a ambientes selváticos conservados.Objetivo. Reportar las especies de flebotomíneos presentes en tres reservas naturales de las regiones del Darién y del Pacífico en Colombia.Materiales y métodos. Los flebotomíneos se recolectaron en las reservas naturales El Aguacate (Acandí, Chocó), Nabugá (Bahía Solano, Chocó) y Tulenapa (Carepa, Antioquia). La recolección se hizo con trampas de luz CDC, mediante búsqueda activa en sitios de reposo y con trampas Shannon. La determinación taxonómica de especies se basó en las claves taxonómicas. En algunas especies de interés taxonómico, se evaluó el uso de secuencias parciales de la región 5’ del gen COI. Resultados. Se recolectaron 611 flebotomíneos adultos: 531 en Acandí, 45 en Carepa y 35 en Bahía Solano. Se identificaron 17 especies del género Lutzomyia, tres del género Brumptomyia y una del género Warileya. Las distancias genéticas (K2P) y los soportes de agrupación (>99 %) en el dendrograma de neighbor joining correspondieron a la mayoría de unidades taxonómicas operacionales moleculares (Molecular Operational Taxonomic Units, MOTU) establecidas para el grupo Aragaoi y confirmaron claramente la identidad de Lu. coutinhoi.Conclusión. Se identificaron especies que tienen importancia en la transmisión de la leishmaniasis en Acandí, Bahía Solano y Carepa. Se confirmó la presencia de Lu. coutinhoi en Colombia.