Pemisahan anomali regional dan residual adalah hal yang harus dilakukan dalam pengolahan data yang berhubungan dengan geologi bawah permukaan. Tidak ada ketentuan khusus tentang metode terbaik yang harus digunakan dalam pemisahan anomali, karena pemisahan anomali bersifat subjektif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi struktur bawah permukaan pada daerah Kepulauan Mentawai dengan menggunakan persebaran nilai anomali. Dalam penelitian ini, metode yang digunakan adalah metode moving average, upward continuation dan polynomial untuk menginterpretasikan kontur anomali regional dan residual Kepulauan Mentawai. Hasil dari ketiga metode tersebut menunjukkan bahwa upward continuation mencerminkan anomali regional dan residual Kepulauan Mentawai lebih baik dibandingkan metode moving average dan polynomial, karena pada upward continuation memiliki kontur dan nilai anomali mendekati kontur dan nilai anomali Bouguer lengkap dan kontur struktur geologi. Sebaran nilai anomali yang rendah berada pada sekitar wilayah Padang, Pulau Siberut, Pulau Sipora dan Pulau Pagai, sehingga diidentifikasi wilayah tersebut memiliki struktur bawah permukaan dengan nilai massa jenis yang rendah. Sedangkan anomali sedang berada pada laut dangkal yang diidentifikasi memiliki massa jenis yang sedang, dan anomali tinggi berada pada laut dalam di sekitar wilayah Indian Ocean diidentifikasi memiliki massa jenis yang tinggi.