Análisis filogenético del virus del chikungunya en Colombia: evidencia de selección purificadora en el gen E1

Abstract

Contribución de los autores:Katherine Laiton-Donato y José A. Usme-Ciro: concepción y diseño del estudio Todos los autores participaron en el análisis y la interpretación de los resultados, la revisión crítica del manuscrito, la aprobación de la versión final y de todos los aspectos del manuscrito. Objetivo. Identificar el genotipo o los genotipos responsables de la primera epidemia por el virus del chikungunya en Colombia y la variabilidad genética asociada a su dispersión en el territorio nacional. Materiales y métodos. Se seleccionaron muestras de suero de pacientes con síntomas indicativos de fiebre del chikungunya durante 2014 y 2015. Se hizo una transcripción inversa seguida de reacción en cadena de la polimerasa del gen E1, así como su secuenciación, análisis filogenético y análisis de evolución adaptativa. Análisis filogenético del virus del chikungunya enResultados. Se demostró la presencia exclusiva del genotipo de Asia en Colombia. Se registró un promedio de 0,001 sustituciones de bases por sitio, una identidad de 99,7 a 99,9 % en los nucleótidos y de 99,9 % en los aminoácidos entre las secuencias colombianas y las secuencias de las Américas. Los análisis de evolución adaptativa indicaron una fuerte selección purificadora en el gen E1. Conclusiones. Se determinó la circulación del genotipo de Asia del virus del chikungunya como la causa de la primera epidemia en Colombia. Es necesario continuar con la vigilancia de genotipos, con el fin de detectar posibles cambios en la epidemiología, la eficacia (fitness) viral y la patogenia del virus.Palabras clave: virus del chikungunya, vigilancia, genotipo, filogenia, Colombia.

Co-circulation and simultaneous co-infection of dengue, chikungunya, and zika viruses in patients with febrile syndrome at the Colombian-Venezuelan border

“…Finally, genotype III was found in the DENV-3 strains, which has been the predominant genotype in Colombia since its introduction in 2002 [ 60 ]. In the case of the samples positive for CHIKV, sequencing revealed the presence of the Asian strain, the same strain that has been previously reported in Colombia [ 18 , 61 , 62 ]. Finally, although no sequencing of the samples positive for ZIKV was performed because the real-time PCR primers amplify a specific region of the Asian/Caribbean strain [ 31 ], we can presume that these samples belong to this lineage, which is the same that has been previously reported in the country [ 62 – 64 ].…”

Pregnant Women Hospitalized with Chikungunya Virus Infection, Colombia, 2015

“…Specific CHIKV genotypes were not identified in this study. However, Laiton-Donato et al identified the genotypes responsible for the CHIKV epidemic in Colombia during 2014–2015 and found only the Asian genotype ( 21 ). We ruled out dengue virus infection by measuring blood for specific antibodies and nonstructural protein 1 antigen with the commercial SD BIOLINE Dengue Duo kit (Standard Diagnostic, Inc., Yongin, South Korea).…”

Genomic epidemiology of Chikungunya virus in Colombia reveals genetic variability of strains and multiple geographic introductions in outbreak, 2014

“…In recent decades, Colombia has suffered epidemics due to a large number of emerging arboviruses such as dengue virus, Venezuelan equine encephalitis virus, CHIKV, and Zika, which have caused severe public health problems 13 . The first case of local transmission of CHIKV in Colombia was notified in August 2014 in the department of Bolivar 14 . According to the Pan American Health Organization, Colombia was the country with the third highest number of cases after Brazil and the Dominican Republic 15 ; between 2014 and 2015 there were 460,484 cases diagnosed by clinical symptoms and 4,658 confirmed by the laboratory 16,17 .…”