Para identificar fatores de risco para óbitos de menores de um ano em Salvador, mediante compartilhamento de banco de dados, foi realizado um estudo caso-controle, cujos indivíduos foram selecionados do Sistema de Informações sobre Mortalidade (SIM; 2000 e 2001) e do Sistema de Informações sobre Nascidos Vivos (SINASC; 2000). Para tal, aplicou-se a técnica de linkage ou compartilhamento de bancos de dados e utilizou-se o programa Access 2000, versão 9.0. As variáveis independentes foram levantadas do SINASC. A associação entre possíveis fatores de risco e óbito de menores de um ano foi avaliada por regressão logística. Prematuridade, ocupação materna como empregada doméstica, dona de casa ou estudante, parto em unidade do setor público, número inadequado de consultas de pré-natal e baixo peso ao nascer foram preditores de óbitos das crianças. A ausência de registro de dados e preenchimento incorreto de campos foram dificuldades enfrentadas no processo de compartilhamento. Apenas 40,9% dele foram realizados eletronicamente. Apesar dessas limitações, o uso complementar permitiu maior aproveitamento desses sistemas e possibilitou a formulação de críticas que podem estimular o seu aperfeiçoamento.