Este artículo examina el proceso de institucionalización y las principales etapas de desarrollo de las llamadas capacidades científicas en la Universidad Nacional de San Juan (Argentina). A partir de articular bibliografía especializada, fuentes documentales y testimonios orales, se propone un esquema analítico de largo plazo que comprenda las etapas de génesis y reestructuración autoritaria (1973-1983); reinstitucionalización democrática (1983-1989); jerarquización estructural (1990-2002) y desarrollo heterogéneo (2003-2018). Se concluye que, la histórica relación-tensión entre autonomía institucional y poder político alentó procesos de expansión/ consolidación asimétrica entre disciplinas, unidades de investigación y agentes universitarios.