Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) merupakan salah satu penyakit menular yang memicu kematian pada balita di Indonesia. Prevalensi ISPA di wilayah kerja Puskesmas Mentaya Seberang berada di ambang batas prevalensi Kabupaten Kotawaringin Timur. Pencegahan ISPA dapat dikaji melalui epidemiologi spasial menggunakan analisis autokorelasi spasial. Tujuan penelitian ini adalah menganalisis autokorelasi spasial ISPA pada balita di wilayah kerja Puskesmas Mentaya Seberang Kabupaten Kotawaringin Timur. Metode penelitian ini merupakan rancangan studi ekologi menggunakan metode spasial seperti Moran’s I, Differential Moran’s I, Local Indicator of Spasial Autocorrelation (LISA) dan Getis Ord Gi* melalui aplikasi GeoDa. Unit analisis spasial yang digunakan pada tingkat rukun tetangga (RT). Hasil penelitian menunjukkan tidak terdapat autokorelasi spasial global ISPA pada balita, Adanya autokorelasi spasial lokal dengan 2 wilayah High-Low pada periode januari – juni sedangkan pada periode juli – desember terdapat 1 wilayah High-Low dan 1 wilayah Low-High. Tidak ditemukan hotspot dan coldspot ISPA pada balita di wilayah kerja Puskesmas Mentaya Seberang.