RESUME L'objectif de la présente étude est d'identifier l'origine et le degré de la contamination bactérienne instantanée des eaux courantes de l'oued Boufekrane de la région Meknès-Tafilalet (Maroc). Pour cela des analyses bactériologiques ont été réalisées sur sept sites de prélèvement qui couvrent l'oued Boufekrane. Le suivi spatio-temporel des coliformes totaux (CT), coliformes fécaux (CF), streptocoques fécaux (SP), anaérobie clostridium sulfito-réducteurs (ACSR) et flore mésophile totale (FMAT) montre que la charge bactérienne de ces germes dépasse largement les normes marocaines et les directives de l'organisation mondiale de la santé (OMS). Il a révélé au cours de la période 2009-2010, une variabilité spatio-temporelle des quatre saisons en temps sec et en temps de pluie par l'influence importante du type d'occupation des sols et des phénomènes de lessivage sur la composition bactériologique de l'oued. L'analyse en composantes principales (ACP) montre une forte corrélation spatio-temporelle entre les stations-mois et la contamination microbienne. Le test de Duncan montre un effet hautement significatif (p<0,001) entre la localisation des stations et les saisons. Il nous permet de conclure que les sites sont caractérisés en amont par une forte pollution en nitrates et une faible contamination en matière fécale, alors qu'en aval, les eaux de l'oued sont caractérisées par une forte contamination fécale et par une faible pollution en nitrates.