Analysis of the association of the polymorphism of the CLIC1, MSH5, C6orf26, C6orf25 genes with the expression level of the HSPA1B gene

Abstract

Резюме. Белки теплового шока (HSPs, heatshock proteins) образуют одну из клеточных молекулярных систем, обладающую шаперонной активностью, направленную на стабилизацию структуры внутриклеточных протеинов, обеспечение устойчивости клеток к стрессу, на ренатурацию неправильно свернутых и элиминацию денатурированных цитоплазматических белков. Учитывая важную роль нарушений уровня экспрессии HSPs в патогенезе целого ряда заболеваний, в нашей работе был проведен поиск ассоциации наличия однонуклеотидных замен (SNPs) в отобранных нами актуальных участках генома с базальным уровнем транскрипционной активности генов группы HSPA, а именно HSPA1A/B, HSPA1A, HSPA1B, HSPA6 и HSPA8 в мононуклеарных лейкоцитах (PBMС) в группе добровольцев из популяции населения средней части России. Исследование проводили с использованием ДНК и РНК, выделенных из лимфоцитов периферической крови 16 доноров. Генотипирование проводилось методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с последующим секвенированием ПЦР продукта. Для оценки уровня экспрессии генов группы HSPA проводили синтез кДНК на матрице РНК, выделенной из образцов клеточных фракций PBMC с последующим проведением полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Было проведено генотипирование участков, в которых находятся следующие полиморфизмы: rs400547 (A/G), rs1150793 (G/A), rs707936 (A/G), rs707915 (A/T), rs376510 (T/C), находящиеся в генах CLIC1, MSH5, C6orf26, MSH5, C6orf25 соответственно. Был охарактеризован базальный уровень транскрипции генов конститутивно экспрессирующихся и индуцируемых белков семейства HSP70 и проведен поиск ассоциации их экспрессии с полиморфизмами. Было обнаружено, что в клетках PBMC генотип AG/AA (SNP rs400547), AG/ GG (rs1150793), AG (rs707936), TA (rs707915), TC (rs376510) по изученным нами участкам ассоциирован c понижением транскрипции гена HSPA1B (p = 0,02), по сравнению с гомозиготами: GG (SNP rs400547), AA (rs1150793), GG (rs707936), TT (rs707915), CC (rs376510). Ассоциации указанных полиморфизмов с экспрессией генов HSPA1A, HSPA6 и HSPA8 выявлено не было. Гены CLIC1, MSH5, C6orf26, C6orf25, в которых присутствуют изученные нами полиморфизмы, находятся в одном локусе вблизи гена HSPA1B на 6-й хромосоме. Обнаруженное нами снижение экспрессии гена HSPA1B при наличии однонуклеотидных полиморфизмов в близлежащих генах может свидетельствовать о пространственных взаимодействиях этого локуса и локуса гена HSPA1B и о том, что изменение генотипа CLIC1, MSH5, C6orf26, C6orf25 может повлечь за собой изменение экспрессии близко расположенных генов, которые являются функционально значимыми для клетки.

Alterations in Proteostasis System Components in Peripheral Blood Mononuclear Cells in Parkinson Disease: Focusing on the HSP70 and p62 Levels

“…Thus, in individuals with a considerably high expression level of this, the HSPA1B isoform could also contribute to the increased HSPA1A/B expression level in the PD group. Earlier, an SNP-dependent variability of HSPA1B transcriptional activity was demonstrated [44]. In our study performed on a cohort from the Russian population, higher HSPA1B expression levels were found in PBMC from donors homozygous in certain genes compared to heterozygotes.…”