Los reptiles son parte importante de la biodiversidad, pero sus poblaciones se han visto afectadas por el cambio climático, especies invasoras y mayormente por la pérdida y fragmentación de los bosques. El estudio de estas especies en distintos hábitats permite ampliar el conocimiento sobre el estado de conservación, las respuestas frente a las amenazas y la dinámica espacial de las comunidades. El objetivo de este estudio fue estimar la riqueza, abundancia, composición y recambio de reptiles en cuatro hábitats contrastantes: bosque caducifolio, bosque semideciduo, bosque ripario y cercas vivas del municipio de Santiago Nonualco, El Salvador, y estimar el efecto de algunas variables ambientales. Entre marzo y agosto de 2021 se hicieron dos visitas por mes, con un esfuerzo de muestreo total de 768 horas/hombre. En cada hábitat se establecieron ocho puntos de muestreo y en cada uno, un transecto permanente de 100x4 m, y en cada uno se aplicó la técnica de Inspección por Encuentro Visual. Se registraron 747 individuos pertenecientes a 28 especies. El grupo mejor representado y más abundante fue el de las lagartijas, mientras que varias serpientes y tortugas sólo registraron un individuo. El hábitat con mayor riqueza y abundancia de especies fue el bosque ripario, por el contrario, las cercas vivas presentaron los valores más bajos de individuos y de riqueza. También este último hábitat fue el que contribuyó a una mayor diferencia o recambio de especies. La humedad relativa y profundidad de hojarasca fueron las variables que aportaron mayor variación a la comunidad de reptiles. La composición, riqueza y abundancia de reptiles cambia entre los distintos hábitats, con una ligera tendencia a que estos reptiles prefieren ecosistemas con una cobertura vegetal más compleja y con menor intervención antropogénica.