A crescente incidência de patógenos resistentes aos medicamentos atuais incentiva a busca de novos agentes antimicrobianos. Neste contexto, as plantas medicinais se destacam, sendo uma importante fonte de novos fármacos. Existem diversos métodos para avaliar a atividade antibacteriana e antifúngica de extratos, frações, óleos essenciais e substâncias isoladas de vegetais. Os mais conhecidos incluem métodos de difusão, diluição e bioautografia. A proposta desse trabalho é apresentar os métodos mais utilizados atualmente, juntamente com suas vantagens, desvantagens e fatores interferentes. Entre os artigos indexados na biblioteca SciELO, abrangendo os últimos dez anos, somente 4,4% das pesquisas com plantas medicinais estão relacionadas com atividade antimicrobiana. O método mais utilizado foi a microdiluição (57,9%), o mais recomendado devido à alta sensibilidade, à quantidade mínima de reagentes e amostra e à possibilidade de um maior número de réplicas. Nos trabalhos que utilizaram esse método, foram verificadas divergências de fatores que podem interferir nos resultados. A fim de facilitar a obtenção de resultados comparáveis e reprodutíveis, destaca-se a necessidade da padronização dos métodos utilizadas pelos pesquisadores. Recomenda-se utilizar como referência as normas estabelecidas pelo CLSI para meio de cultura e concentração de inóculo nos testes. Além disso, também recomenda-se a inclusão de um controle negativo da forma de solubilização das amostras, com quantificação do crescimento microbiano, para evitar a interferência nos resultados.