Las garrapatas son ectoparásitos hematófagos que transmiten diversos agentes infecciosos, incluyendo bacterias que afectan al ser humano y otros animales, y cuyas enfermedades generan pérdidas económicas importantes. Sin embargo, aún permanecen sin esclarecerse los mecanismos en los que están involucrados la microbiota de las garrapatas y el patógeno en el vector durante el proceso de transmisión. Actualmente, sabemos que los artrópodos son capaces de albergar una gran biodiversidad de microorganismos como bacterias, protozoarios, hongos y virus, y que éstos, desempeñan funciones fundamentales en el establecimiento, reproducción, fisiología, nutrición, y probablemente también con la capacidad vectorial. En este sentido, la relación patógeno-microbiota, representa una caja negra de interacciones que podrían acercarnos más a la elucidación y comprensión de las enfermedades transmitidas por vectores. Al momento, diversos estudios Metagenómicos han sido utilizados para la caracterización del microbioma de diferentes hospederos, y más recientemente de muchos vectores artrópodos de importancia médico-veterinaria. No obstante, poco se sabe acerca de la influencia de la microbiota sobre la capacidad vectorial, lo cual, resulta de suma importancia para comprender mejor la relación hologenómica que guardan los vectores con los patógenos que transmite, e incluso con las bacterias no patógenas que poseen. La elucidación de las relaciones biológicas entre los microorganismos presentes en las garrapatas, los patógenos y no patógenos que transmite y su hospedero, proporcionará información invaluable, que contribuya al desarrollo de estrategias novedosas de control de plagas de artrópodos y patógenos transmitidos por vectores.