Application of the Cytochrome-b gene region in Population Study of Striped Snakehead (Channa striata) by Molecular Approach

Abstract

Ikan gabus dengan perbedaan geografis yang berbeda dapat memiliki dampak keanekaragaman genetik. DNA barcoding merupakan suatu system yang dirancang untuk mengidentifikasi suatu spesies secara tepat dan akurat dengan menggunakan wilayah gen pendek dan terstandar. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman populasi ikan gabus pada empat wilayah di Jawa Timur. Penelitian ini menggunakan sekuen gen Cytochrome b (Cyt b) pada DNA mitokondria untuk menentukan variasi genetic populasi liar Channa striata. Hasil dari DNA barcode dengan Cytochrome c oxidase subunit I (COI) menunjukkan seluruh sampel secara valid sebagai spesies C. striata (99.84-99.85%), sementara itu pada sequence Cyt-b memiliki percent identity dengan sequence species yang sama berkisar 99.74 to100%. Pohon filogenetik yang direkonstruksi dengan menggunakan MEGAX menghasilkan adanya clade terpisah pada sequences dari Jawa Timur. Hal ini memperkuat adanya kesamaan populasi species C. striata di daerah aliran sungai (DAS) Brantas.